Metabolom

A metabolom egy biológiai mintában vagy egy élőlényben megtalálható kismolekulás metabolitok (anyagcseretermékek) összessége. Ide tartoznak a köztes anyagcseretermékek, hormonok és más jelzőmolekulák, másodlagos anyagcseretermékek, aminosavak, egyszerű cukrok stb. A kifejezést a transzkriptomika/transzkriptom, illetve proteomika/proteom mintájára képezték. A metabolom dinamikus, pillanatról pillanatra változik. Bár a metabolom jól meghatározható, jelenleg nem létezik egyetlen, átfogó analitikai módszer az összes metabolit meghatározására (lásd: metabolomika). 2007 januárjában az Albertai Egyetem és a Calgary Egyetem kutatói a Humán Metabolom Projekt keretében elkészültek az emberi metabolom vázlatos képével. Katalogizáltak és karakterizáltak az emberi szervezetben talált mintegy 2500 anyagcsereterméket, 1200 gyógyszerterméket és 3500 élelmiszer-összetevőt.

Kapcsolódó szócikkek

• Tumormetabolom
• Tömegspektrometria
• Fehérje-elektroforézis
• Fehérjeszekvenálás

További információk

Nézd meg a metabolom címszót a Wikiszótárban!

• Medical Online: Farmako-metabolomika
• Metabolomics journal
• Bioinformatics Journal
• The Human Metabolome Project
• The Human Metabolome Database
• The Human Metabolite Library
• The Human Serum Metabolome Project (HUSERMET) Archiválva 2014. május 17-i dátummal a Wayback Machine-ben
• PDF of Reporting Standards for Metabolomic Studies
• Scientists complete human metabolome

Jegyzetek

1. ↑ Első használata: Az irodalomban a „metabolome” első előfordulása: Oliver SG, Winson MK, Kell DB, Baganz F (1998. szeptember 1.). „Systematic functional analysis of the yeast genome”. Trends Biotechnol. 16 (9), 373–8. o. [2013. október 19-i dátummal az eredetiből archiválva]. DOI:10.1016/S0167-7799(98)01214-1. PMID 9744112. (Hozzáférés: 2014. március 22.)  
2. Az első metabolomikai témájú könyv: Harrigan, G. G. & Goodacre, R. (eds). Metabolic Profiling: Its Role in Biomarker Discovery and Gene Function Analysis. Kluwer Academic Publishers (Boston) (2003). ISBN 1-4020-7370-4 
3. Fiehn O, Kloska S, Altmann T (2001. február 1.). „Integrated studies on plant biology using multiparallel techniques”. Curr. Opin. Biotechnol. 12 (1), 82–6. o. DOI:10.1016/S0958-1669(00)00165-8. PMID 11167078.  
4. Fiehn O (2001). „Combining Genomics, Metabolome Analysis, and Biochemical Modelling to Understand Metabolic Networks”. Comp. Funct. Genomics 2 (3), 155–68. o. DOI:10.1002/cfg.82. PMID 18628911.  

• Weckwerth W (2003). „Metabolomics in systems biology”. Annu Rev Plant Biol 54, 669–89. o. DOI:10.1146/annurev.arplant.54.031902.135014. PMID 14503007.  
• Goodacre R, Vaidyanathan S, Dunn WB, Harrigan GG, Kell DB (2004. május 1.). „Metabolomics by numbers: acquiring and understanding global metabolite data”. Trends Biotechnol. 22 (5), 245–52. o. DOI:10.1016/j.tibtech.2004.03.007. PMID 15109811.  
• Wishart DS, Tzur D, Knox C, Eisner R, Guo AC, Young N, Cheng D, Jewell K, Arndt D, Sawhney S, Fung C, Nikolai L, Lewis M, Coutouly M-A, Forsythe I, Tang P, Shrivastava S, Jeroncic K, Stothard P, Amegbey G, Block D, Hau DD, Wagner J, Miniaci J, Clements M, Gebremedhin M, Guo N, Zhang Y, Duggan GE, MacInnis GD, Weljie AM, Dowlatabadi R, Bamforth F, Clive D, Greiner R, Li L, Marrie T, Sykes BD, Vogel HJ, Querengesser L (2007. január 1.). „HMDB: the Human Metabolome Database”. Nucleic Acids Research 35 (Database issue), D521–6. o. DOI:10.1093/nar/gkl923. PMID 17202168.  
• Wishart DS, Knox C, Guo AC, Eisner R, Young N, Gautam B, Hau DD, Psychogios N, Dong E, Bouatra S, Mandal R, Sinelnikov I, Xia J, Jia L, Cruz JA, Lim E, Sobsey CA, Shrivastava S, Huang P, Liu P, Fang L, Peng J, Fradette R, Cheng D, Tzur D, Clements M, Lewis A, De Souza A, Zuniga A, Dawe M, Xiong Y, Clive D, Greiner R, Nazyrova A, Shaykhutdinov R, Li L, Vogel HJ, Forsythe I (2009. január 1.). „HMDB: a knowledgebase for the human metabolome”. Nucleic Acids Research 37 (Database issue), D603–10. o. DOI:10.1093/nar/gkn810. PMID 18953024.  
• Nicholson JK, Holmes E, Lindon JC, Wilson ID (2004. október 1.). „The challenges of modeling mammalian biocomplexity”. Nat. Biotechnol. 22 (10), 1268–74. o. DOI:10.1038/nbt1015. PMID 15470467.  . Hangsúlyozza az emberi szervezetben élő mikroorganizmusok szerepét az emberi metabolomban.
• van der Greef J, Stroobant P, van der Heijden R (2004. október 1.). „The role of analytical sciences in medical systems biology”. Curr Opin Chem Biol 8 (5), 559–65. o. DOI:10.1016/j.cbpa.2004.08.013. PMID 15450501.  
  • Az analitikai tudományok fontossága az omikákban és a rendszerbiológia területén.
• Kell DB (2004. június 1.). „Metabolomics and systems biology: making sense of the soup”. Curr. Opin. Microbiol. 7 (3), 296–307. o. DOI:10.1016/j.mib.2004.04.012. PMID 15196499.  
• Dunn W.B., Ellis D.I. (2005). „Metabolomics: current analytical platforms and methodologies”. Trends in Analytical Chemistry 24 (4), 285–294. o. DOI:10.1016/j.trac.2004.11.021.  
• Ellis DI, Goodacre R (2006. augusztus 1.). „Metabolic fingerprinting in disease diagnosis: biomedical applications of infrared and Raman spectroscopy”. Analyst 131 (8), 875–85. o. DOI:10.1039/b602376m. PMID 17028718.  
  • Metabolomikai adatok mint rendszerbiológiai modellek bemeneti adatai