A ''Múmiaterem'', ahol 27 fáraókori királyi [[Múmia|múmiát]] őriznek, [[Anvar Szadat]] parancsára [[1981]] és [[1985]] között zárva állt. Jelenleg újbirodalmi uralkodók múmiái tekinthetőek itt meg.
A [[2011-es felkelésegyiptomi forradalom|2011-es forradalom]] idején, amikor a mellette álló pártszékházat felgyújtották a tüntetők, civilek védték a múzeumot a fosztogatástól.<ref>[http://www.good.is/post/protesters-are-awesome-egyptians-form-human-shield-to-protect-antiquities/ Protesters Are Awesome: Egyptians Form Human Shield to Protect Antiquities]</ref> Zahi Hawass nyilatkozata szerint a tüntetők két múmiát elpusztítottak.<ref>[http://news.yahoo.com/s/nm/20110129/stage_nm/us_egypt_museum Looters destroy mummies in Egyptian Museum: official]</ref> Több műtárgyat rongálás ért, köztük Tutanhamon aranyozott szobrait (XVIII. dinasztia, cca. i. e. 1330) és a XI. dinasztiabeli Meszehti sírjából előkerült fa hajómodellt (cca. i. e. 2000).<ref>[http://www.eloquentpeasant.com/2011/01/29/statues-of-tutankhamun-damagedstolen-from-the-egyptian-museum/ Statues of Tutankhamun damaged/stolen from the Egyptian Museum]</ref>
