A Baranya megyei Lakon született (a<ref>A Pécs közelében található település neve később Herceglak, majd Püspöklak lett, jelenleg – szomszéd településekkel való összevonás után – [[Geresdlak]] a neve.</ref> Nevének több írásmódja ismert, így gyakran ''Skalnitzky,'' néha ''Szkalniczky.'' A róla szóló monográfia szerint ő maga a Szkalnitzky írásmódot használta. Édesapja jószágigazgató volt Albrecht főherceg birtokán. [[1846]]-tól [[1854]]-ig a [[pest]]i [[cisztercita]] gimnáziumban tanult. 1851 és 1854 között a prágai főreáltanodában, 1854 és 1857 között a bécsi Polytechnikumban, végül 1857 és 1859 között a berlini Építészeti Akadémián végezte tanulmányait. 1858 folyamán számos tanulmányutat tett; járt Münchenben, Kelet-Poroszoroszágban, Szászországban, Bécsben, Erdélyben, Dalmáciában, Horvátországban és Észak-Itáliában. 1858 decemberétől 1859-ig [[Friedrich August Stüler]] műhelyében dolgozott. 1859. július 22-én megkapta a berlini építészeti Akadémia ezüstérmét. Édesapja 1861-ben halt meg. Ebben az évben Szkalnitzkyt az újonnan alakult Országos Magyar Képzőművészeti Társulat igazgatóválasztmányának tagjává választották. 1862-ben kötött házasságot Koch Antóniával; fia, Henrik 1863-ban, lánya, Zsófia 1868-ban született. [[1864]]-től [[1870]]-ig a budai politechnikumban tanított. [[1865]]. december 10-én az [[Magyar Tudományos Akadémia|Akadémia]] levelező tagjává választották. Ezután viszontagságos évek következtek: cége ellen 1870 és 1874 között csődeljárás folyt. Utolsó nagy sikere 1873-ban a bécsi Világkiállításon kapott művészeti érem az [[Oktogon]]on létesült épületeiért. A [[Felvidék]]en került gyógykezelésre 1873-ban. Az agysorvadás egyre jobban elhatalmasodott szervezetén: hosszas szenvedés után a lipótmezei tébolydában érte a halál.
