A második szakasz a parlamenti tábor szétszakadásának és a polgárháború befejezésének időszaka. 1646-ban bevezetikbevezették a „presbitériumot”, mint államvallást, és kezdetét veszivette az elégedetlen independensek üldözése. Az elégedetlenséget fokozzafokozta, hogy a presbiteriánusok által eltörölt feudális földtulajdon szabadon adható-vehető polgári tulajdonná vált, amely hatalmas visszaélésekkel, gyors meggazdagodásokkal járt. Eközben a közép-, kis- és törpebirtokos gazdálkodók nagyon nehéz helyzetbe kerültek. A helyzet az independensek további radikalizálódásával, a [[leveller]]ek megjelenésével járt.
