A [[II.második világháború]] kitörése megakadályozta a gárda további fejlődését, hiszen az 1939–40-es idény már az elején megszakadt és bajnokság hat évig szünetelt. A visszatérés utáni szezonban a Stoke-ot a [[Bolton Wanderers FC|Boltonnal]] sorsolták össze az [[angol labdarúgókupa|FA-kupában]], az idegenbeli meccsen leszakadt a lelátó 33 szurkoló halálát és további 520 sérülését okozva. Az 1946–47-es évadban a Fazekasoknak nagy esélyük volt a bajnokság megnyerésére, de az utolsó fordulóban kikaptak a [[Sheffield United FC|Sheffield Unitedtől]], így a [[Liverpool FC|Liverpool]] lett a bajnok. Stanley Matthews ekkor úgy döntött, hogy karrierjét a [[Blackpool FC|Blackpoolnál]] folytatja.
Az 1952–53-as szezonban utolsó előtti lett a csapat, így kiesett az élvonalból, ráadásul Bob McGory is távozott a kispadról 17 év után.
