Egyiptomban a francia erőket az angol, török és arab csapatok folyamatosan támadták. Gyakorivá vált a helyi lakosság lázongása is a francia uralom ellen. Az El Arisban [[1800]]. [[január 24.|január 24]]-én, a törökökkel és az angolokkal kötött szerződés értelmében Kléber ugyan kész volt Egyiptomból elvonulni, de mivel több tábornok vonakodott e szerződésnek magát alávetni, a harc ismét kiújult. Kléber megszervezte a francia ellenállást és Matariah mellett megverte a török nagyvezért. ([[1800]]. [[március 20.]]). [[Koptok]]ból és [[görögök]]ből újabb csapatokat szervezett és biztosította a partokat is. Azonban egy fanatikus török Kairóban, [[1800]]. [[június 14.|június 14]]-én meggyilkolta. A főparancsnokságot [[Jacques François Menou|Menoura]] vette át. Míg az angolok mindent megtettek, hogy a franciákat Egyiptomból kiszorítsák, addig Franciaország, illetve az első konzulja nem tett semmit az egyiptomi hadsereg megmentésére és a kivívott sikerek biztosítására. [[1801]]. [[március 1.|március 1-jén]] [[Ralph Abercromby|Abercromby]] vezérlete alatt újabb angol flotta érkezett Alexandria elé, aki azután Menout Abukir mellett megverte ([[1801]]. [[március 21.]]), de a csatában maga is halálosan megsebesült. Ugyanekkor egy török hajóhad is megérkezett, a nagyvezér Szíria felől fenyegette Kairót. Menou több részre osztván különben is gyenge haderejét, tulajdonképpen sehol sem tudott hathatós ellenállást kifejteni. [[Augustin Daniel Belliard|Belliard]] Kairóban, [[1801]]. [[június 27.|június 27-én]] adta meg magát és hatezer emberével, felszerelésekkel együtt, Anglia költségén visszaszállították Franciaországba. 13 ezer ember, akik között azonban alig volt négyezer fegyverfogható, Rosetteben szállt hajóra és szeptemberben érkeztek Toulonba. Hasonló feltételek alapján kapitulált Menou is Alexandriában [[1801]]. [[szeptember 2.|szeptember 2]]-án, aki azután [[1801]] novemberében érkezett 8 ezer katonával Franciaországba, magával szállítva a tudományos gyűjtemények legnagyobb részét.
