Miután Henrik hatalma a német területeken megbomlottmeggyengült, a császár kivonta seregeit Itáliából. Ezek után Kelemen hatalma végleg szétporladt és mindössze Ravennában és néhány észak-itáliai egyházmegyében számított a szava. [[1099]]-ben Orbán halála után még megpróbálta megszerezni Róma prímásának címét, de azt [[II. Paszkál pápa|II. Paszkálnak]] ítélte a klérus. AAz új pápát támogató sereg kiűzte az ősi városból Kelement, és végül Cività Castellana városában talált menedéket, ahol [[1100]]. [[szeptember 8.|szeptember 8-án]] meghalt. Ugyan követői halála után követői új ellenpápát ([[Theoderich_(ellenpápa)|Theoderich]]) választottak, mégis köztudott volt, hogy a császárpárti egyházfők nem kapnak legitimitást.
