{{Idézet 2| "Kardot keresek"|Sieyès saját törekvéseiről a direktórium alatt (Furet, 59.))}}
Franciaország - folytatva a [[XIV. Lajos]] által megkezdett hódító politikát ún. testvérköztársaságok rendszerét hozta létre határai mentén. Sieyès tagja lett annak a delegációnak, mely 1795-ben megyezett a legyőzött Holandiával, létrehozva utóbbiból az első testvérköztársaságot, a [[Batáviai Köztársaság|Batáviai Köztársaságot]]. JakobinusSieyès aktív szerepte töltött be a Direktórium alkotmányának kidolgozásában, emiatt jakobinus terroristák 1797. április 12-én merényletet kíséreltek meg ellene. 1797 szeptemberében a baloldali direktorok által szervezett ún. ''fructidori államcsíny'' idején a hatalmát féltő Ötszázak Tanácsa beválasztotta abba a „közjót” szolgáló bizottságba, melynek feladata volt a hatalomátvétel megakadályozása. Ő nevezte ki [[Joseph Fouché|Joseph Fouchét]] rendőrminiszternek. Hogy elhárítsa a Poroszország felől a franciákra irányuló fenyegetést 1798-ban berlini követkövetnek nevezték ki. Sieyès - mint az már a "Mi a Harmadik Rend?" pamflettjéből is kiderül - a tulajdonosi rétegek helyzetének és politikai befolyásának megszilárdítására törekedett. Az ismétlődő baloldali és jobboldali puccskísérletekkel szemben konszolidálni akarta a forradalom alatt elért eredményeket. Egyre inkább egy erős egyszemélyi vezetőben kezdett el gondolkodni, aki védelmet nyújt a szélsőségekkel szemben. Először ''Joubert'' tábornoknak ajánlotta föl a hatalmat, majd annak halála után ''Morreau''-nak, végül azonban az egyiptomi és itáliai hadszíntereken diadalmaskodó Napóleon mellett döntött. 1799-ben kulcsszerepe volt abban, hogy [[Napóleon]] megkaparinthatta a hatalmat. Az 1799-es alkotmány értelmében a szenátus tagjaelnöke lett, részt vett a konzulátus alkotmányának kidolgozásában. Ő lett a második konzul a háromtagú konzuli testületben, azonban hamarosan visszavonultháttérbe szorult, mivel nem értett egyet Napóleon további hatalom-koncentráló törekvéseivel.
