A naginata feltételezhetően a korábbi ''hoko jarinakjari''nak a leszármazottja , ám valószínüleg a kínai guandao is befolyásolta a kialakulását.<ref name="Draeger">{{cite book|last=Draeger|first=David E.|authorlink= |coauthors= |title=Comprehensive Asian Fighting Arts|publisher= Kodansha International|year=1981|location= |page=208|isbn=978-0-87011-436-6}}</ref><ref>{{cite book|last=Ratti|first=Oscar|coauthors =Adele Westbrook|title=Secrets of the Samurai: The Martial Arts of Feudal Japan|publisher=Castle Books|year=1999|isbn= 0-7858-1073-0|page=241}}</ref>. Nehéz megállapítani, hogy pontosan mikor is alakult ki ez a fegyver. Sokan állítják, hogy a [[Nara-kor]]szak harcos szerzetesei találták fel, de a tárgyi bizonyítékok amik igazolják a fegyver létezését csak a középső [[Kamakura-kor]]szakig nyúlnak vissza, és a korábbi írásos emlékek meglehetősen homályosak. A legelső megbízható feljegyzések, 1146-ból a késő [[Heian-kor]]szakból származnak, melyek közül egy szerint a fegyver egy friss találmány volt<ref>{{cite book|last=Friday|first=Karl F.|title= Samurai, Warfare and the State in Early Medieval Japan|year=2004|publisher=Routledge|isbn=0-203-39216-7|page=86}}</ref>. Korábban a 10. és 12. századi források gyakran hivatkoznak "hosszúkardokra" ami bár gyakori középkori megnevezése és helyesírása a naginatának jelenthetnek hétköznapi kardokat is; az egyik forrás a naginata előhúzását a ''nükü'' igével írja le, ami általában a kardok előhúzására használnak, míg a naginata előhúzására főleg használt ige a ''hazuszu''. A gyakran feltételezett kapcsolta a naginata és a harcos szerzetesek között szintén nem tisztázott. A késő 13. és 14. századi műalkotások a harcos szerzeteseket naginatával ábrázolják, de nem tulajdonítanak neki különösebb jelentőséget: a fegyver csak egyike azoknak amiket használtak a szerzetesek, valamint szamurájok és ''asigaruk''.<ref>{{cite book|last= Adolphson|first=Mikael S.|title=The Teeth and Claws of the Buddha: Monastic Warriors and Sōhei in Japanese History|year=2007| publisher=University of Hawai'i Press|isbn=978-0-8248-3123-3|pages=130–133}}</ref> A naginatát használó szerzetesek ábrázolásai a korábbi korszakokban valójában később készültek azzal a szándékkal, hogy a naginatát mint szimbólumot használják a szerzetesek más harcosoktól való megkülönböztetésére, mintsem, hogy a történelmi események egy pontos leírását adják.<ref>Adolphson (2007), pp. 137, 140</ref>
