Mennydörgés a MártixMátrix erejétől megerősödve pusztítani kezdi a Bárkán tartózkodó Autobotokat, Optimusz viszont nem meri kockáztatni, hogy a Mátrix megsérüljön. Mennydörgés felett végül teljesen átveszi a hatalmat a Mátrix megrontott ősi ereje és saját harcosait is gyilkolni kezdi. Optimus belátja, hogy Mennydörgést minden áron meg kell állítani, ezért harcba bocsátkozik vele. Mikor Mennydörgés a végső csapást akarja mérni Optimuszra, Éjvadász a Bárka hangárjában lévő egyik hajó szigonyával megcsáklyázza Mennydörgést és Tömlőfej kinyitja a hangárkaput. A vákuum kiszippantja a hajót és vele együtt Mennydörgést és a Mátrixot a mélyűrbe.
Az Autobotok így ugyan megmenekültek Mennydörgéstől, de a Mátrixot is újra elveszítették és nélküle kell szembenézniük a közeledő Unikronnal.
