A ''Mortal Kombat 3''-ban, mint a korábbi részekben, a játékmenet itt is kisebb átszabásokonváltozásokon ment keresztül. Az első lényeges újítás a "Futás" gomb, amivel a játékos futhat, bár így nem védheti ki az ellenfél ütéseit, ésilletve ezt a gombot hátrafeléhátramenetben nem tudja használni. A rajongók nagy negatívumnak tartották és feleslegesnek ítélték ezt az elemet. A másik lényeges újítás az újféle kombórendszer. A játékos több gomb lenyomásával egy gyors és erős ütéssorozatot vihet be, amivel nagyon megsebezheti az ellenfelet. Hogy a fejlesztők tudják fokoznifokozzák a játékosok örömét, beépítettek négy nehézségi szintet, amit a játékos kedvére választhat ki a képernyőrejáték pedig egy szöveget írtak be: "Choose Your Destiny"elején.
Bizonyos szintek interaktívak lettek, így ha a játékos erős ütést vagy valamiféle kombót mért az ellenfelére, az vagy egy szintet leesett vagy például a plafont szakította át. Így színesebbé és élvezetesebbé tették a játékot a fejlesztők.
29. sor:
A különböző kivégzések is visszatértek (Fatality, Babality és Friendship), valamint megjelent egy új változat az Animality, ami során a játékos egy állattá változik és úgy öli meg az ellenfelet.
A játék teljes stílusa nagyban eltér az előző részektőlrészekétől. A zenei elemekben is fellelhetők ezek, mivel a zenei témákat lelassították és módosították. A játék pályáit modern környezetbe helyezték és, itt szerepelt először a három kiborg karakter is, valamint a többi szereplő is jelentős átalakításon ment keresztül. A játék ennélfogva sokkal sötétebb és komorabb lett, mint az előző részek. A karaktereket jobban digitalizálták (az előző részekben ezt kézzel csinálták). Itt használták először a 3D grafikát a háttérben, de ennek ellenére ezt az részt is 2D-kéntkét dimenziósnak tekintik.
