Színésznő feleségét, Galinát legjobb barátnőjével, Olgával, Bugyonnij feleségével egy időben tartóztatták le 1937-ben, és Jegorov halála előtt ki is végezték, míg Olga megőrült a magánzárkában.<ref>{{Opcit|n=Simon Sebag Monetfiore|o=245}}</ref> A Tuhacsevszkij-ügyben, ami a [[sztálini tisztogatások]] és az [[NKVD]] gondosan előkészített koncepciós pereinek része volt, marsalltársát hamisan katonai puccs előkészítésével vádolták meg és ítélték halálra. Jegorov és Vorosilov neve nem szerepelt a bírák között: utóbbi honvédelmi népbiztosként elvileg hivatalosan felette állt a csatározásoknak, amelyetmíg Jegorov vagy visszautasította a részvételt vagy főfoglárként vett részt az ügyben.<ref>{{Opcit|n=William J. Spahr|o=235}}</ref> Ezt akkoriban sokan baljós előjelnek tekintettek.<ref name="High Command">{{cite web |url=http://books.google.hu/books?id=tDNKCgvJ9c4C&pg=PT499&lpg=PT499&dq=marshal+yegorov&source=bl&ots=__tnTjp1Gk&sig=K4izDL-44xoyUaZ3AHmTD6YQ_2w&hl=hu&sa=X&ei=9P4SVNi-F8G7Pa3mgYgC&ved=0CCgQ6AEwAjgK#v=onepage&q=marshal%20yegorov&f=false |title=The Soviet High Command: a Military-political History 1918-1941: A Military Political History, 1918-1941 |author=John Erickson |year=2013 |publisher=Routledge |pages=920}}</ref> Ennek ellenére továbbra is a védelmi népbiztos első helyettese maradt, és a Szovjetunió Legfelső Tanácsának tagja lett. Ebben az évben a propagált offenzív stratégia erőltetése helyett defenzív javaslatokat tett, amit Vorosilov defetizmusnak nevezett.<ref>{{cite book |url=http://books.google.hu/books?id=gDhpqYwg7MgC&pg=PA83&lpg=PA83&dq=marshal+yegorov&source=bl&ots=_gRcZ5rQuJ&sig=E6WHRgg-uUa8KhzeSoYRQ4hJ2Lg&hl=hu&sa=X&ei=K_wSVJvLNoamO9eqgaAP&ved=0CEYQ6AEwBA#v=onepage&q=marshal%20yegorov&f=false |title=Stalin's Folly: The Tragic First Ten Days of World War II on the Eastern Front |author=Constantine Pleshakov |year=2006 |publisher=Houghton Mifflin Harcourt}}, 83. o.</ref>
Sztálinnal ápolt jó kapcsolata és az 1. lovashadseregben a polgárháború során betöltött szerepe miatt sokan úgy gondolták, védelmet élvez a tisztogatásoktól.<ref name="High Command" /> 1938 januárjában a Kaukázusba vezényelték, aholami az NKVD kedvelt stratégiája volt a leendő áldozat elszigetelésére. Az egyik katonai akadémia oktatójánakoktatója feljelentésefeljelentést utánküldött Sztálinnak, amiben szabotázzsal vádolta meg Jegorovot. Ezután vizsgálat indult ellene, azzal a váddal, hogy vezérkari főnökként szabotálta a Vörös Hadsereget, majd az ügy során érkezett másik feljelentés szerint még 1917-ben megrágalmazta [[Vlagyimir Iljics Lenin|Lenint]]. Egy hónap grúziai tartózkodás után Moszkvába rendelték, ahol áprilisban eltűnt. Visszahívták a párt Központi Bizottságából, feleségét pedig lengyel kémnek nyilvánították. Jegorov halálos ítéletét csak 1939. február 23-án, a Vörös Hadsereg napján hajtották végre. Bár bukásának okairól csak feltételezések vannak, több történész szerint is Jenukidzével való kapcsolata lehetett az egyik ok, aki 1935 után Sztálin egyik különleges célpontja volt; valamint az, hogy a polgárháború során ő váltotta Vorosilovot a 10. hadsereg élén. Rehabilitációjára 1957-ben került sor, családja azonban sohasem kapott hivatalos tájékoztatást haláláról.<ref>{{Opcit|n=William J. Spahr|o=235–238}}</ref>
