Bár aza [[1960-as évek|hatvanas]] évektől kezdve a pályát folyamatosan korszerűsítették (az építéskori i-vágányzatot fokozatosan c-rendszerűre építették át), annak állapota a 90-es évek közepére kritikussá vált. 1996 őszén egy személyvonat kisiklását követően a pályafenntartás a [[Pécsvárad]] — [[Bátaszék]] szakasz nagy részén 20 km/órásh-s [[sebesség]]korlátozást rendelt el. A személyvonatok menetideje [[Pécs]] és Bátaszék között három órára nőtt, emiatt 1996 decemberében új menetrendet adtak ki a vonalra. Az utazási idő rövidítésére a Pécs és [[Kiskunfélegyháza]], illetve [[Szeged]] között közlekedő közvetlen vonatok mellett, azokhoz Bátaszéken csatlakozva pótlóbuszokat indítottak, melyek Pécs és Bátaszék között nem álltak meg, menetidejük 1 óra 15 perc volt. A pécsi vasút-igazgatóság végül döntött, hogy 1997. május 31-et követően a vonatok közlekedését Pécsvárad és Palotabozsok között - „ideiglenesen” - pótlóbuszokkal váltja fel. Az utolsó nap még [[MDmot|MD]] [[motorvonat]]ok is közlekedtek, bár az utolsó jármű ami teljes hosszában végigment a vonalon, egy mellékkocsis [[Bzmot]] volt. A buszos pótlás a vonal közepét érintette, [[Pécs]] és [[Pécsvárad]] között, illetve [[Bátaszék]]től [[Palotabozsok]]ig közlekedtek a személyvonatok, a teherforgalom Bátaszék felől [[Véménd]] állomásig megmaradt körülbelül 2001-2002-ig. Az erdős fekvésnek köszönhetően a leállított pályaszakaszt néhány éven belül szinte teljesen visszahódította a természet: [[1998]] őszén néhány vasútbarát [[hajtány|hajtánnyal]] még végig tudta járni a bezárt szakaszt, [[2001]]-es visszatérésükkor azonban már komoly földmunkára és bozótirtásra volt szükség az előrehaladáshoz.
A vonal keleti felén 2003-ban szűnt meg a közlekedés. [[2003]] január 23-án 0 órától tengelyrepedésre hivatkozva a MÁV tömegesen leállította a főként mellékvonalakon közlekedő [[Bzmot]] motorkocsikat. A járművek átvizsgálásának és javításának ideje alatt több vasútvonalon kiszámíthatatlanná vált a közlekedés, vagy le is állt. Az ideiglenes szünet a keleti vonalrész végét jelentette, mivel az országban egyedüli vonalszakaszként itt később sem állt helyre a vasúti közlekedés, a pótlóbuszok útvonala meghosszabbodott Palotabozsoktól Bátaszékig. Érdekes, hogy a vonatokat felváltó autóbusz - a közutak előnytelen vonalvezetése, rossz állapota és a falvak elszórt elhelyezkedése miatt - nem tudott érdemben jobb menetidőt produkálni mint a [[vonat]].
