A hidrogén az emberi biztonságra nézve veszélyes anyag, levegővel keveredve potenciálisan tűz- és robbanásveszélyes; míg tiszta, [[oxigén]]-mentes formában fulladást okozhat.<ref name=NASAH2>{{cite web|author=Brown, W. J. et al. |first=H. O. |last=Smith |coauthors=Xu, Q |url=http://www.hq.nasa.gov/office/codeq/doctree/canceled/871916.pdf |format=PDF |year=1997 |title=Safety Standard for Hydrogen and Hydrogen Systems |publisher=[[NASA]] |accessdate=2008-02-05}}</ref> Ezen túlmenően, a folyékony hidrogén kriogén anyag, ennek megfelelően a nagyon hideg folyadékokkal kapcsolatos veszélyeket rejti magában (mint például a fagyási sérülés).<ref>{{cite web| title=Liquid Hydrogen MSDS| publisher=Praxair, Inc.| month=September|year=2004| url=http://www.hydrogenandfuelcellsafety.info/resources/mdss/Praxair-LH2.pdf| format=PDF| accessdate=2008-04-16}}</ref> A hidrogén számos fémben oldódik, és azon túlmenően, hogy elszivárog, kedvezőtlen hatással lehet rájuk; ilyen hatás például a hidrogén-elridegedés,<ref>{{cite journal| title='Bugs' and hydrogen embrittlement| journal=Science News| volume=128| issue=3| page=41| location=Washington, D.C.| date=1985-07-20|doi=10.2307/3970088| jstor=3970088}}</ref> amely repedésekhez és robbanáshoz vezethet.<ref>{{cite web|url=http://www.twi.co.uk/content/oilgas_casedown29.html|title=Union Oil Amine Absorber Tower|last=Hayes|first=B.|publisher=TWI|accessdate=29 January 2010}}</ref> A külső légtérbe kiszivárgó hidrogéngáz spontán meggyulladhat. Továbbá, a hidrogén lángokhidrogénlángok amellett, hogy nagyon forróak, szinte láthatatlanok, és így véletlen égési sérülésekhez vezethetnek.<ref>{{cite web| title=Hydrogen Safety| publisher=Humboldt State University| url=http://www.schatzlab.org/education/h2safety.html| accessdate=2010-04-14}}</ref>
Még a hidrogén adatainak (beleértve a biztonsági adatlapot is) értelmezését is számos jelenség torzítja el. A hidrogén számos fizikai és kémiai tulajdonsága a parahidrogén/ortohidrogén arány függvénye (napokig vagy hetekig is eltart, míg egy adott hőmérsékleten eléri a egyensúlyi arányt, amelyre az adatokat általában megadják). A hidrogén detonációs paraméterei, mint például a kritikus detonációs nyomás és hőmérséklet, erősen függenek a tartály geometriájától.<ref name=NASAH2/>
A hidrogén a tárolóedény falának legkisebb repedésen keresztül is átszivárog,. Az olyan tartályok, melyekamelyek más anyagok számára gáztömör tárolást képesek biztosítani, a hidrogén számára nem biztos, hogy megfelelnek.
