1392-ben Gerson teológiai licenciátust, majd 1394-ben teológiai doktorátust szerzett. 1395-ben Pierre d’Aillynek Puy püspökévé történő kinevezésekor, mindössze 32 évesen a párizsi egyetem kancellárja lett. Ezzel egyidejűleg a [[Notre-Dame székesegyház (Párizs)|Notre-Dame székesegyház]] kanonokja lett, valamint [[II. Fülöp burgundiai herceg|Merész Fülöp]] Burgundia hercege Brugges dékánjává is megválasztatta. Párizs egyetemének kancellárjaként megkerülhetetlen teológiai tekintéllyé vált Európában, valamint komoly politikai tényezővé vált Franciaországban.
[http://hu.wikipedia.org/wiki/Sz%C3%A1z%C3%A9ves_h%C3%A1bor%C3%BA[Százéves háború#A_m.C3.A1sodik_b.C3.A9keid.C5.91szakA második békeidőszak:_1389.E2.80.931415 1389–1415|1408-ban Orléans hercegének meggyilkolása]] után Gerson állást foglalt a merényletet megrendelő Félelemnélküli János, Merész Fülöp fia, burgundi herceg és annak pártfogoltja, Jean Petit ellen. Úgy vélte továbbá, hogy a pápának alá kell rendelnie magát az egyetemes zsinatnak. A konstanzi zsinat után az Orléans- és Bourguignons pártok között kitört polgárháború miatt kénytelen volt két évet száműzetésben Bajorországban tölteni, ahol megírta "''A Teológia vigasztalása''" című művét. Franciaországba visszatérve Lyonba vonult vissza az egyik bátyja által vezetett celesztinusok kolostorába, ahol az aszkéta életmódról írt könyveket, és szegény gyerekeket tanított.
