NagybátyjaA somlyói [[Báthory család]] sarja. Apja, somlyói Báthory András (†[[1563]]), anyja, szunyogszeghi Majláth Margit volt. Anyai nagyszülei szunyogszeghi Majláth István ([[1502]]-[[1550]]), Erdély vajdája, és nádasdi Nádasdy Anna voltak. Anyai nagyanyának a fivére, báró nádasdi és fogarasföldi [[Nádasdy Tamás]] (1498–1562) országbíró volt. Báthory András, nagybátyja, Báthory István erdélyi fejedelem és lengyel király [[krakkó]]i udvarában nevelkedett. [[1578]] és [[1581]] között a [[pułtusk]]i [[Jézus Társasága|jezsuitáknál]] tanult. Családja kívánságára egyházi pályára lépett, s már fiatalon, [[1584]]-ben varmiai segédpüspök lett. Viharos gyorsaságú egyházi előmenetelét természetesen elsősorban nagybátyja, Báthory István befolyásának köszönhette. [[1583]]-ban és [[1586]]-ban [[Róma|Rómában]] járt. 1583-ban apostoli protonorátius, [[1584]]-ben bíboros lett.
[[1599]]. [[március 30.|március 30-án]] [[Báthory Zsigmond]] (annak ellenére, hogy András bátyját, Boldizsárt 5 évvel korábban megölette) hazahívta Lengyelországból unokabátyját, és lemondott [[Erdélyi fejedelmek listája|erdélyi fejedelmi]] címéről a javára, amit az csak nagy vonakodások után fogadott el. A [[medgyes]]i országgyűlés 1599. [[március 29.|március 29-én]] fejedelemmé választotta.
