A rendszerváltást követően, 1990-ben, új alapszabályt fogadtak el. Igen fontos szervezeti változás volt, hogy a Gazdaság- és Jogtudományi Osztály tudományos részlegei közül a Hadtudományi Bizottságot - a [[BM]] Tudományszervezési Önálló Osztály akkori vezetőjének, Opál Sándornak, a hadtudományok kandidátusnakkandidátusának a kezdeményezésére - [[1990]]-ben visszaállították. Ennek azért volt különösen fontos jelentősége, mert azt eredetileg [[1945]]-ben a [[Magyarország]]<nowiki/>ot megszálló [[szovjet]] haderők [[Déli Hadseregcsoport|Déli Hadsereg Csoport]] nevű hadteste parancsnokának parancsára tiltották be. Ezért a visszaállítása nem csak történeti, hanem politikai szempontból is fontos volt. A [[Rendszerváltás (egyértelműsítő lap)|rendszerváltás]]<nowiki/>t végző kormány ugyanis többek közt ezzel is jelezni tudta a közvéleménynek, hogy eljött az ideje a [[szovjet]] megszálló katonai csapatok távozásának. Az MTA új Hadtudományi Bizottságának tagjai éppen ezért közfelkiáltással és egyhangúan választották meg Opál Sándort első szavazati jogú tagjukká. A vonatkozó iratok az MTA irattárában megtalálhatók. – Az irodalom és a művészetek akadémiai képviseletének helyreállítására társult, de önálló intézményként létrejött a Széchenyi Irodalmi és Művészeti Akadémia (1992). 1994 áprilisában kihirdették a Magyar Tudományos Akadémiáról szóló új törvényt (XL. tv.).
