A ''Yu-Gi-Oh! 5D's'' cselekménye sok évvel az eredetia ''[[Yu-Gi-Oh! GX]]'' eseményei után játszódik, 2021-ben, NewNeo Domino City városában - itt már a párbajozás egy új módja, a Riding Duel zajlik. A főszereplő Yusei Fudo, aki a romos állapotú Satellite-ben lakik, ahol a lakosság hatalmas szegénységben él, egyetlen feladatuk Neo Domino City szemetének feldolgozása. Az ottaniaknak szinte lehetetlen bejutnia a gazdagok által lakott Neo Domino City-be, ám Yusei-nek mégis sikerül beszöknie. Eleinte csak egy cél hajtja: hogy legyőzze egykori barátját és a jelenlegi Párbajok Királyát, Jack Atlas-t, és hogy visszaszerezze tőle a Stardust Dragon kártyát.
