1528-ban [[felső-magyarország]]i [[főkapitány]] volt.
Hol a [[Habsburg]] [[I. Ferdinánd magyar király|Ferdinánd]], hol pedig [[I. János magyar király|Szapolyai]] pártján állt. Hatalmas birtokaik voltak. Kizárólag csak a saját érdekeit követte. A család tulajdonában volt [[Fülek]], [[Salgó]], [[Boldogkői vár]], [[Szádvár]], [[Csorbakő vára]]<ref>1540-41 fordulóján Ferdinánd király Bebek Ferenc felső-magyarországi főkapitánynak adta a várat, aki februárban átadta testvérének Bebek Imrének. 13 évig működött pénzhasító műhely a vár legvédettebb részében. 1553-ban meghalt Bebek Imre, és Bebek Ferenc még ebben az évben a rudabányai bányászokkal leromboltatta a várat. A várat többé nem építették újjá.</ref> és a nevezetes [[Krasznahorka vára|Krasznahorka]]<ref>A Bebek család a 16. század második feléig birtokolta a várat. A legjelentősebb átépítésre épp a kegyetlenségeiről híres inkább hírhedt Bebek Ferenc birtoklása idején került sor. Ekkor a török támadások veszélye miatt védőfallal és három védőbástyával erősítették meg a várat. Az átalakítás hasonlít az egri vár megerősítésének formájára.</ref> várak.
[[1554]]-ben végleg elpártolt [[Ferdinánd]]tól és az özvegy [[Jagelló Izabella magyar királyné|Szapolyainé Izabella]] pártjára állt. Ferdinánd az országgyűlés elé idézte, amely 1556-ban száműzetésre ítélte.
