[[Fájl:Wurzeln am Berghäuser Altrhein, Speyerer Auwald.JPG|thumb|250px|]]
A '''gyökér''' ([[latin nyelv|latinul]] ''radix'') a [[hajtásos növények]] – azaz a [[harasztok]], [[nyitvatermők]] és [[zárvatermők]] – jellemzően a [[talaj]]ban kialakult [[levél (botanika)|levéltelen]], [[Szár (botanika)|szártagok]] nélküli része, amelynek feladata a [[Növények|növény]] rögzítése, valamint a víz- és ásványianyag-felvétel. Esetenként a gyökér mintegy a növény föld feletti [[Szár (botanika)|szárából]] eredve, a talaj felé törekedve is növekedhet ([[léggyökér]]), s az sem ritka, hogy a szár a talaj alatt folytatódik (pl. [[rizóma]]). A gyökrügyből ''(radicula)'' ered. A tápanyagok koncentrációjától függően a gyökerek [[citokinin]]t szintetizálnak, ami szabályozza a [[hajtás]]ok növekedését. A gyökerek gyakran tápanyag tárolására is szolgálnak. A legtöbb edényes növényfaj [[gombák]]kal áll [[szimbiózis|szimbiotikus]] kapcsolatban, [[mikorrhiza|mikorrhizát]] alkotva, a gomba [[micélium]]ából kiinduló gombafonalak behálózzák a növény gyökereit, és kölcsönösen segítik egymás tápanyagokhoz jutását); ez annyira elterjedt, hogy akár azt is mondhatjuk, hogy a vizet (és szervetlen tápanyagokat) felvevő növényi szerv nem a gyökér, hanem a mikorrhizal.<ref name="Jakucs">Jakucs Erzsébet: A föld alatti gombavilág titkai (megjelent: Természet Világa 140. évfolyam 9. szám [2009. szeptember], 413-415. oldal)</ref> Egyes [[baktériumok]] is kapcsolódhatnak a gyökerekhez.
Számos növényi hormonoknak itt található a szintézishelye (pl. [[citokinin]]), valamint ún. másodlagos növényi anyagok (pl. [[alkaloidok]]). Egy példa a [[nikotin]] a levelekben, ami a gyökérben [[szintetizál]]ódott.
