[[Ferenczi Sándor (pszichoanalitikus)|Ferenczi Sándor]] hatására a [[pszichoanalízis]] vonzáskörébe került, hamar gyakorló analitikus lett belőle, az [[1930-as évek]]ben már ő tartotta el a családot. Főként [[Skizofrénia|szkizofrénekkel]] végzett úttörő jelentőségű, módosított analitikus munkát, amit az alapítók nem is tartottak lehetségesnek.
A [[második világháború]]ban férjét [[Kitelepítés|deportálták]] [[Terezín (Litoměřicei járás)|Terezínbe]]be és ott is halt meg a [[theresienstadti koncentrációs tábor|koncentrációs táborban,]]. Hajdú Lili bujkálva vészelte át a nehéz éveket. A második világháború alatt szemináriumokat tartott lakásán, ahol a [[fasizmus]] és a tömeglélektan problémáiról folytak viták. A háború után belépett a kommunista pártba, fia, ifjabb Gimes Miklós szintén elkötelezett kommunista volt. Néhány szabadabb év után újra fogyott az analitikusok körül a levegő, Hajdú Lili bár a [[Lipótmező]]n az Országos Ideg- és Elmegyógyintézet főorvosa lett, mégis egyfajta belső emigrációban élt. Tudományos meggyőződését nem vállalhatta, magánpraxist csak titokban folytathatott. 1958-ban újabb tragédia érte. Fiát, Gimes Miklóst 1958-ban, a Nagy Imre-perben kivégezték. Lánya, Gimes Judit még 1956-ban [[Svájc]]ba emigrált családjával. Hajdú Lili többszöri kérvényezésre sem kapott útlevelet a hatóságoktól. A harmadik elutasítás után 1960-ban önkezével vetett véget életének.
