BocskajiBocskai súlyosan beteg lett, és betegségének utolsó időszakában az volt a meggyőződése, hogy volt bizalmasa, [[Káthay Mihály]],<ref>{{cite web |author= |url=http://szelence.com/katai/index.html |title=Ha kérdi Isten, Káthay, tetőled... |accessdate=2014-10-07 |language=magyar |publisher=szelence.com}}</ref> megmérgezte őt, és ez okozza testi bajait. Halálát a [[hajdúk]] is mérgezésnek tulajdonították, és az 1606 szeptemberében bebörtönzött Káthayt gyanúsították ők is, ezért a fejedelem halála után felkoncolták. Bocskai halálának oka azonban – az egykorú történetírók tanúsága szerint – [[ödéma|vízibetegség]] volt.<ref>{{cite web |author= |url=http://gyorkos.uw.hu/tizenoteves/1606/1606.htm |title=Az 1606-os év hadiesemények Magyarországon |accessdate=2014-10-07 |language=magyar |publisher=gyorkos.uw.hu}}</ref>
Végrendeletében a független Erdély fenntartását kötötte utódai lelkére, amelyik kedvezőbb külpolitikai körülmények közt majd megvalósíthatja a szultán és a császár birodalma közt az ország egységét és a nemzeti királyságot.
