1927-ben újra nősült, felesége Emmy Winkler (1904–1977) pszichológus a munkatársa lett és több útjára elkísérte. 1930-től folytatta tanulmányait a bécsi egyetemen a néprajz, pszichológia, antropológia, földrajz témakörében. Később sikertelenül igyekezett egyetemei álláshoz jutni. 1939-ben a kínai [[Jünnan]] tartományba tervezett utazást, amire azonban a második világháború kitörése miatt már nem kerülhetett sor.
Bernatzik 1938-ban tagja lett a [[Nemzetiszocialista Német Munkáspárt]]nak. A háború kitörése után [[Bécsújhely]]en légvédelmi kiképző tisztként szolgált, de szeretett volnaigyekezett megszabadulni ettől a feladattól és visszatérni Afrika-tanulmányaihoz. Szeretett volna egy kézikönyvet kiadni Afrikáról az ottani német telepesek és a potenciális gyarmatosítók számára. E törekvésében támogatást kapott az náci párt gyarmati kérdésekkel foglalkozó illetékeseitől. Emiatt a háború után számos híresztelés kapott lábra korábbi tevékenységének esetleges [[hírszerzés|katonai felderítői]] jellegéről is. Expedícióinak területi célja, az általa gyűjtött adatok, kutatói érdeklődése azonban világossá teszik, hogy ilyesmiről nem lehetett szó. A háború alatt is folytatta munkáját afrikai néprajzi monográfiáján, a témában 1940 és 1942 között együttműködött francia néprajzosokkal is Párizsban, kutatta a francia gyarmati archívumokat. Kéziratainak leadott példányai bombatalálat következtében elpusztultak, de a háború után két fontos munkáját id kiadták változatlan szöveggel (''Afrika-Handbuch, Akha und Miao''), mindössze a „gyarmati etnográfia” kifejezést változtatták „alkalmazott etnográfiára”.
