Mecsér község a [[Mosoni-Duna]] negyedik nagy kanyarulatának jobb partján, a [[Mosoni-síkság]], a [[Szigetköz]] és a [[Hanság]] találkozásánál, [[Mosonmagyaróvár]] (22 km) és [[Győr]] (21 km) között félúton fekszik, az [[1-es főút (Magyarország)|M10-es főútvonal]] leágazó, [[1402-es közút|szigetköziszámú átkötő úton]],míg [[Tét]]-[[Lébény]] irányából a [[8417-esérhető közút]]onel. Győrtől 15 km-t a szigetközi úton haladva, '''Zsejkepusztánál''' kell áthaladni a Mosoni-Duna hídján, így jutunk a hangulatos környezetben lévő kis faluba. Érdekesség, hogy [[Ásványráró]] és Mecsér vonalában húzódik az Alsó- és Felső-Szigetközt elválasztó botanikai határ. Mosonmagyaróvár város szennyvízterhelése egészen Mecsér községig érezteti hatását. Mecsér községtől egészen Győr határáig első osztályú, fürdésre is alkalmas a Mosoni-Duna vize.<ref>{{Cite web |url=http://www.szigetkoz.biz/TK/alapterv/2fejezet.htm |title=Szigetközi Tájvédelmi Körzet |accessdate=2018-09-04 |archiveurl=https://web.archive.org/web/20160328081801/http://www.szigetkoz.biz/TK/alapterv/2fejezet.htm |archivedate=2016-03-28 }}</ref>
