Flatpak a freedesktop.org projektrészeként lett kifejlesztve (korábban X Desktop Group vagy XDG néven ismert), és eredetileg '''xdg-appnak''' hívták.
A ''Flathub'' , az adattárrepository (vagy a távoli forrás a Flatpak terminológiaterminológiában) található, melya [https://flathub.org flathub.org] helyen érhető el, ez lett a ''[[:en:De_facto_standard|de facto szabvány]]'' biztosítjaazamely alkalmazásokbiztosítja csomagolásáta Flatpak formátumba csomagolt alkalmazások elérését. A csomagokat a Flathub rendszergazdákadminisztrátorai és maguk a programok fejlesztői is hozzáadják ''(bár az adminisztrátorok kifejezetten preferálták a fejlesztők által benyújtott alkalmazásokat).'' Bár a ''Flathub'' a ''Flatpak'' által-al csomagolt alkalmazások tényleges forrása, a Flatpak a Flathubtól függetlenül működhet; lehetséges, hogy távoli és hozzáférést biztosítson a Flathubtól teljesen független kiszolgálókhoz is.
