[[Fájl:Pteranodon scale.png|bélyegkép|250px|balra|A ''Pteranodon'' és az ember méretének összehasonlítása]]
A Pteranodon nem volt az egyik legnagyobb testméretű [[nem (rendszertan)|nem]] volt a [[pteroszauruszok]] [[rend (rendszertan)|rendjében]]: szárnyainak fesztávolsága átlagosan 3,8 méter volt nőstényeknél és 5,6 méter (a legnagyobb példányoknál 6,25–7,25 méter) hímeknél,<ref name=bennett1994niobrara>Bennett, S.C. (1994). "The Pterosaurs of the Niobrara Chalk." ''The Earth Scientist'', '''11'''(1): 22-25.</ref> testtömege 20 [[kilogramm]], fejének hossza a csőre hegyétől a fej végén lévő csonttarajig 1,8 méter. Az üreges, levegővel telt [[csont]]ok csökkentették a testtömeget és megkönnyítették a repülést; könnyű szerkezetű csontváza volt. [[Szárny]]a a [[denevérek|denevéréhez]] hasonlóan [[Bőr (anatómia)|bőrből]] volt, amelyet a kéz- és karcsontok feszítenek; ám a Pteranodon szárnyvégét csak egyetlenegy [[ujj]] feszítette. A fej végén lévő csonttaraj az állat [[csőr]]ének súlyát ellensúlyozta. Az állat testét szőr borította. A [[tüdő]] mellett légzsákjai is voltak. Az állat meleg vérű volt, ami minden repülő állat létszükséglete, mert energiájukat a táplálékból a lehető leggyorsabban ki kell nyerniük. A Pteranodon [[agy]]a jól fejlett volt, különösen azok a részek, amelyek a mozgást, látást és egyensúlyozást irányították.
Más [[pteroszauruszok]]tól, mint a [[Rhamphorhynchus]]tól és a [[Pterodactylus]]tól eltérően a Pteranodonoknak fogatlan állkapcsa volt, a mai [[madarak]]hoz hasonlóan.