Legközelebb 2008-ban, 1 év szünet után tért vissza az autósport királykategóriájába. Ekkor kinevezték a [[Honda Racing F1 Team|Honda]] csapatfőnökének.<ref>{{cite news | title = Ferrari's Brawn to be Honda boss | url = http://news.bbc.co.uk/sport1/hi/motorsport/formula_one/7090180.stm | publisher = www.bbc.co.uk| date=2006-11-12| accessdate=2006-11-12}}</ref> Az 1 év alatt, amit Brawn itt töltött, a csapat legjobb eredménye [[Rubens Barrichello]] Silverstone-ban elért harmadik helye volt, amit Brawn taktikai húzásainak is köszönhetett. A Honda 2008 decemberében, mindenféle előzmény nélkül bejelentette, hogy a [[A 2008-ban kirobbant gazdasági világválság|gazdasági válság]] miatt kiszáll a Formula–1-ből, a versenyistálló sorsa pedig egészen [[2009]] márciusáig kérdéses volt.<ref>http://news.bbc.co.uk/sport1/hi/motorsport/7766899.stm</ref>