„Molekulamodellezés” változatai közötti eltérés

[ellenőrzött változat][ellenőrzött változat]
Tartalom törölve Tartalom hozzáadva
1 forrás archiválása és 0 megjelölése halott linkként. #IABot (v2.0beta9)
linkek
1. sor:
{{forma}}
 
A '''molekulamodellezés''' kémiai, fizikai és biológiai problémák [[atom]]i szintű magyarázatára képes, rohamosan fejlődő tudományág, mely a [[klasszikus fizika]] vagy a [[kvantummechanika]] egyenleteit használja fel a [[molekula|molekulák]] viselkedésének leírására. A kémiai szerkezetvizsgáló módszerek (például [[röntgenspektroszkópia]], [[Mágneses magrezonancia|NMR]]), valamint a számítástechnika rohamos fejlődése a módszert egyre hatékonyabb kutató-fejlesztő eszközzé teszi. Ilyen számítható és ábrázolható adatok lehetnek például geometriai, energetikai vagy [[spektroszkópia]]i adatok. A számítógépes molekulamodellezést a tudomány számos területén lehet sikeresen használni. Használják többek közt a [[biológia]], a [[fizika]], a [[kémia]] és a gyógyszerkutatás területén is.
 
A molekulamodellezési eszközök legnagyobb előnye az, hogy a klasszikus kutatási módszerek mellett független módszerként használhatók fel. A számítógép tehát egy külön kísérleti eszközzé vált. Képes meghatározni más spektroszkópiai eszközök által mérhető mennyiségeket (például az elektronsűrűség, molekulageometria, [[dipólusmomentum]], [[reakcióhő]] stb.) azonban jó néhány más egyéb mennyiség kiszámítására is képes. Ezek már létező kémiai fogalmak de eddig kísérletileg alig vagy egyáltalán nem voltak meghatározhatók (például kötésrend, atomi parciális ponttöltések, töltéseloszlások, töltés, energia és elektronsűrűség particionálások stb.).
 
''Molekulamechanikai (molecularmechanics, MM) módszerek''
 
A molekulamechanikai módszerek a magok helyzetét úgy vizsgálják, hogy az elektronokat[[elektron]]okat csak az általuk létesített erőtér révén veszik figyelembe. Egy rendszer leírásának két fontos pillére van. Az egyik az erőteret leíró egyenletek matematikai alakja, a másik, pedig az ezekben szereplő paraméterek megválasztása. Mindkét esetben a választás kritériuma az, hogy minél pontosabban tudjuk leírni a vizsgált modellek kísérletileg meghatározott jellemzőit.
 
Az erőtér módszer alapötlete abból adódott, hogy a kísérleti módszerek fejlesztésével a kisméretű molekulákról egyre több adat állt rendelkezésre. Ismertek lettek az atomok közti kötéstávolságok, kötésszögek, valamint még számos molekulageometriai és energetikai jellemző. A kérdés az volt, hogy leírható-e egy nagy molekula a kisebbekkel modellezett szerkezeti egységek kombinációjaként. Erre szolgál az erőtér eljáráson alapuló molekulamechanikai számítási módszer.
 
Az erőtér eljárás alapjait Andrews 1930-ban közölt mechanikai modellje képezi, amely szerint a molekulák merev, gömbszerű atomokból állnak. Az atomok közti kötéseket úgy szemléltetik, mintha rúgókkal kapcsolnánk őket össze.
 
A molekulát felépítő atomok állandóan mozognak. A fellépő szerkezeti változások pedig, a molekula teljes energiájának a megváltozását vonják maguk után. Ezek az egyszerű erőtörvények alapján számíthatóak.
A molekulamechanikában használatos erőterekben alkalmazott energiatagok kötő és [[kémiai kötés|nemkötő kölcsönhatások]] leírására szolgálnak,
 
<math>E_{osszes} = E_{vegyertek} + E_{nem-koto}</math>.