A Zóna tele van '''anomáliák'''kal, amelyek a fizikai lét olyan eltorzulásai, amik mind a játékos, mind a nem játékos karakterek (NPC-k) számára halálos fenyegetéstveszélyt jelentenek. Helyük nagyjából állandó a Zónában, jelenlétükre az úgynevezett anomália-detektor pittyegése figyelmeztet. Minél sűrűbben pittyeg a készülék, annál közelebb járunk az anomáliához, mely könnyen a vesztünket is okozhatja. Az anomáliák természetének kifürkészésére csavarokat is dobálhatunk beléjük, hogy lássuk, mi történne velünk ha mégis túl közel merészkednénk hozzájuk (a csavardobálás egyfajta utalás [[Andrej Arszenyjevics Tarkovszkij|Andrej Tarkovszkij]] [[Sztalker]] című filmjének egyik jelenetsorára). A legtöbb anomália szemmel is jól észlelhető a levegő és a fény furcsa torzulásaiból kikövetkeztetve.<ref>[http://stalker.heroesradio.com/Anomalies.php The Zone Survival Guide - Anomalies]</ref>
Az anomáliák hozzáhozzák létre az úgynevezett '''artifact'''-eket (relikviákat), amelyek olyannyira értékesek a tudomány számára, hogy megéri őket felkutatni a Zóna veszélyei ellenére. A játékban ezeket el tudjuk adni más Stalkereknek, vagy épp mi magunk is használhatjuk őket az övünkre csatolva. Ugyanis rendelkeznek bizonyosfajta előnyökkel, de hátrányokkkalhátrányokkal is. (Például növelik a védőruhánk golyóálló képességét, de ugyanakkor kis mértékben sugárszennyezést is okoznak kis mértékben.) AzA különféle artifact-ek mindenfelé elterjedtekfellelhetők a Zónában, és elősorbanelsősorban anomáliák közelében fellelhetőektalálhatók.<ref>[http://stalker.heroesradio.com/Items_Artifacts.php The Zone Survival Guide - Artifacts]</ref>
