A vonal túlzsúfolt forgalmi helyzete miatt a herceghalmi forgalmi irányító Müller Vendel úgy döntött, hogy az [[Ausztria]] felé tartó személyvonatot a szokásos harmadik vágány helyett a második vágányra járatják be. (Ez a vágány volt a kétvágányú vasútvonal Budapest felé tartó átmenő fővágánya is.) A vonatnak a végpont felé eső kitérőkön kellett visszatérnie a menetirány szerinti helyes vágányra. A herceghalmi szolgálattevő a Pestre tartó különvonat áthaladása után szabad utat adott a gráci vonatnak. A vágánykapcsolat kitérőin tért vissza a menetirány szerinti helyes vágányra, amikor az állomás utáni ívben feltűnt a [[Bécs]] felől érkező gyorsvonat.
A nagy sebességgel közeledő gyorsvonat már meghaladta [[Herceghalom]] állomás előjelzőjét, amikor
mozdonyvezetője Vida János észlelte, hogy a vágány foglalt előtte. Működésbe hozta a féket, de már elkésett; a gyorsvonat 76 km/h-s sebességgel az állomásról kihaladó [[személyvonat]] hátsó kocsijaiba csapódott. Az ütközés a személyvonat két kocsiját elszakította a szerelvénytől. A gyorsvonat mozdonya ezt a két kocsit maga alá gyűrte, miközben a mozdonyt is szinte teljesen összetörték a személykocsik roncsai. A mozdony után kapcsolt szalonkocsik egymásba csúsztak, lefordultak a vasúti pályáról. A halálra rémült utasok a környező szántóföldekre menekültek a ronccsá vált vonatból.
