2005-ben [[Eisner-díj]]at nyert ''Legjobb író'' kategóriában az ''Y, az utolsó férfi'', a ''Runaways,'' az ''Ex Machina'' és az ''Ultimate X-Men'', illetve a ''Legjobb új sorozat'' kategóriában az ''Ex Machina'' című képregényeiért.<ref>{{cite web|title=''Complete List of2005 Eisner Award WinnersAeards''|url=http://www.comic-con.org/cci/cci_eisners_pastwinners.php#2005|publisher=comic-con.org|accessdate=2010-07-30}}</ref> 2006-ban öt munkájáért jelölték ugyanerre a díjra, melyeket nem sikerült elnyernie,<ref>{{cite web|title=''2006 Eisner Awards Nominee List''|url=http://www.comic-con.org/cci/cci_eisners06nom.shtml#nomlist|publisher=comic-con.org|accessdate=2010-07-30}}</ref> majd 2008-ban a ''Y, az utolsó férfi'' a ''Legjobb sorozat'' kategóriában hozott neki Eisner-győzelmet.<ref>{{cite web|title=''2008 Eisner Awards''|url=http://www.comic-con.org/cci/cci_eisners_pastwinners.php#2008|publisher=comic-con.org|accessdate=2010-07-30}}</ref> 2006-ban elnyerte a ''Wizard'' képregényekkel kapcsolatos magazin ''Legjobb képregényírónak'' járó díját. 2009-ben [[Hugo-díj]]ra jelölték az ''Y, az utolsó férfi'', mint ''Legjobb grafikus történet'' miatt, annak tizedik részének ''(Whys and Wherefores)'' megírásáért.<ref>{{cite web|title=''The Hugo Awards: 2009 Nominations''|url=http://www.thehugoawards.org/2009/03/2009-hugo-award-nominations/|publisher=thehugoawards.org|accessdate=2010-07-30}}</ref>
