Nyugdíjas éveit Pozsonyban, a préposti palotában töltötte, öccse, (Rónay Domokos, őrnagy) és nővérei gondos ápolása mellett. A főrendiház 50 örökös tagja közé választották. Erzsébet királyné és Mária ValéraValéria gyakran tett nála látogatást. Az egyik ilyen látogatás 1886. április 27-én ment végbe a nyilvánosság teljes kizárásával, Mária Valéria ez alkalomból egy ezüst domborműves arcképével ajándékozta meg Rónayt<ref>Vasárnapi Újság 1896/9. szám</ref>; volt tanítványaival állandó levelezésben állt. Halála előtt betegeskedett és nemsokkal korábbi tanítványának, Rudolfnak 1889. januárjában bekövetkezett halála után, mestere is távozott az élők sorából április 17-én. Végrendeletében testévereit tette meg főörököseinek, háziorvosának, dr. Pávaynak hagyta kedvenc óráját, a beszentelést végző papnak házi oltára ezüst feszületét, a végrendelet végrehajtásával megbízott káptalani tagnak kis kereszteket, a székesfehérvári Sebestyén templomnak - hol legelőször áldozott - misemondó ruhákat, a Pannonhalmi főapátságnak tizennyolc festményt. Könyvtára tudományos munkáit a prépostságra hagyta, a szépirodalmiakat a pozsonyi Toldy-körnek (2036 kötet). Naplóját, kéziratait, leveleit és összegyűjtött hírlapi cikkeit a pannonhalmi apátság őrizetére bízta. A királyi család táviratban fejezte ki részvétét Rónay testveinek, ahogy hírt szereztek Rónay haláláról. Végső nyugalomra április 19-én helyezték.
Halála után Pór Antal mondott felette emlékbeszédet a Magyar Tudományos Akadémián, 1891. június 22-én. Mellszobra és portréja a Pannonhalmi Apátsági Gyújteményben található. Arcképe: kőnyomat, rajzolta Marastoni J., nyomtatta Horn és Beck (Hajnal-Albumban, Budapest, 1873). Győrben utca viseli nevét.