A város megsegítésére megérkezik a Daedalus nevű csatahajó, melynek segítségével megelőző támadásra indulnak Atlantisz védői, és magával hoz a fedélzetén egy teljesen feltöltött ZPM-metet amely a város pajzsát látja el energiával. Megkezdődik az ostrom, ami közben Ford egy bizarr átalakuláson megy át: félig lidérc, félig ember lesz. [A lidércek táplálkozáskor egy enzimet bocsátanak az ember testebe, ami megerősíti a szívet, hogy az áldozat ne haljon meg idő előtt.] Ez alapvetően megváltoztatja az expedíció tagjaihoz fűződő kapcsolatát. A lidérc támadást sikerül visszaverni. Az évad fő történeti szála a Carson Beckett által felfedezett retrovírus, amely képes egy lidércet emberré változtatni. A retrovírust tesztelik egy lidércen, Michaelen is, de változó sikerekkel. Az évad végén az expedíciónak szövetséget ajánl Michael csoportja, ám a végén elárulják őket. Az évad azzal zárul, hogy megtudjuk: a lidércek a Föld felé tartanak.
