A negyedik évad elején Atlantisz sikeresen megmenekül a replikátoroktól. A város egy hasonló, ahatalmas óceánokkal borított bolygón talál menedéket, mint Atlantisz. A csapat egy rajtaütési akció keretében ZPM-eket szerez a replikátorok anyabolygójáról, ám fel kell áldozniuk, a nanitok segítségével rendbe jöttmeggyógyított Dr. Weir-t. A városbolygón egyközben hasonlóelkövetnek bolygónegy szállóriási lehibát, mintfeltörik, Atlantisz.és Azátírják évadbana sikerrelreplikátorok veszikvezérlő felkódját, aés harcotaktiválnak aegy replikátorokkalolyan utasítást, sikerülmelynek elindítaniukeredményeképp aharcba Lidércekszállnak ellenia parancsotlidércekkel. AÁm a replikátorok azonbaneléggé sajátságos módon teszik ezt, az embereket kezdik el irtani, mivel nélkülük a Lidércek éhen halnak. Az évadban sikerrel veszik fel a harcot a replikátorokkal. Válaszul a Lidércek, és az emberek összefognak, és egy mesterségesen kreált replikátor segítségével megsemmisítik a replikátorokat, és a bolygójukat is. Dr. Weir azonban pár társával túléli a katasztrófát. Az évad második felében ismét különböző feladatokat teljesítenek, majd egy Lidérc támadás elhárítása érdekében a Midway Station-t is felrobbantják. Az utolsó részekben egy betegség söpör végig a galaxisban, az emberek nagy részét megölve. A vírus mögött Michael áll, aki Teylát is elrabolja, születendő gyermekével pedig komoly, egyelőre ismeretlen tervei vannak. Az évadzáróban Sheppard egy baleset következtében előreutazik az időben, ahol segítségére van egy Rodney képére alkotott hologram. A [[hologram]] segít visszajutni az ezredesnek a saját idejébe és felfedi, milyen következményei voltak az eltűnésének: Az expedíció tagjai szétszéledtek, meghaltak, Michael pedig győzött, és uralma alá hajtotta a galaxist. Visszatérve saját idejébe, mentőakciót indítanak Teyla megmentésére, de csapdába sétálnak, és ott rekednek Michael összeomlott bázisának romjai között.
