A cseppfolyós bioüzemanyagokat első sorbanelsősorban a járművek meghajtására szolgáló üzemanyagok részleges vagy teljes helyettesítésére állítják elő. Már a járműgyártás hajnalán előkelő szerepük volt mint az újonnan létrehozott gépezetek üzemanyagainak. Az [[Otto-motor]]t [[Nikolaus Otto]] az etanol használatára tervezte, [[Rudolf Diesel]] motorjának üzemanyaga a mogyoróolaj volt. Csak amikor a [[kőolaj]] – amelynek energiasűrűsége lényegesen magasabb a bioüzemanyagokénál – szélesebb körben hozzáférhetővé vált, akkor hanyatlott le a bioüzemanyagok alkalmazása. A bioetanolt [[Brazília|Brazíliában]] már az 1970-es évek óta széles körben használják, főleg a fosszilis energiahordozók szűkössége miatt. 2006-ban a bioetanol az üzemanyagfelhasználás 45%-át tette ki az országban. Jelenleg a ígéretes kutatások folynak az algákból nyerhető cseppfolyós üzemanyag kialakítására, mivel ezek az egyszerű növények különösen nagy hatásfokon hasznosítják a szén-dioxidot<ref>[http://www.euractiv.hu/gazdasag/linkdossziek/alga-a-jovo-biouzemanyag-forrasa-000097| Algák és más harmadik generációs bioüzemanyagok]</ref>.
