John Sheppard egy tapasztalt és tehetséges tiszt voltés jó pilóta az [[Az Amerikai Egyesült Államok Légiereje|Amerikai Egyesült Államok Légierejénél]], de egy [[afganisztán]]i bevetésén megtagadta a parancsát, annak érdekében, hogy megmentse számos bajtársát. Ez a próbálkozása sikertelen lett, és emellett büntetésül az [[Antarktisz]]ra száműzték. Itt tudta meg, hogy rendelkezik egy bizonyos "ATA" [[gén]]nelgénnel, ami az Ősök technológiájának aktiválásához szükséges, emiatt végül csatlakozott az [[Atlantisz Expedíció]]hozExpedícióhoz.<ref>{{citeepisode|Amikor episodelink=Felemelkedéscsatlakozott, (Csillagkapu:Sumner Atlantisz)|ezredes title=Felemelkedés|volt series=a Csillagkapu:katonai Atlantisz|vezető. serieslink=Csillagkapu:Őt Atlantisz}}</ref>elfogták a lidércek, és Sheppard őrnagy lelőtte, hogy halála gyorsabb legyen, mint ha kiszívnák belőle az összes életerőt. Ez sokszor szóba kerül később a sorozatban, általában magasabb rangú tisztek emlegetik, akik amúgy sem kedvelik Johnt az afganisztáni parancs megtagadása miatt.
Az atlantiszi egyes felderítőcsapat vezetőjévé válik, társai lesznek Rodney McKay, Teyla Emmagan és előbb Aidan Ford, majd Ronon Dex, aki Ford helyébe lép, miután az "bedrogozva" a lidérc enzimtől elszökik Atlantiszról.
