Jodlt a nürnbergi fogházba szállították. A vádiratban foglaltak alapján valamennyi vádpontban vizsgálatot folytattak ellene (emberiségemberiesség ellen elkövetett bűnök, háborúban elkövetett bűncselekmények, béke elleni bűncselekmények, összeesküvés mások ellen), a bíróság mindben bűnösnek találta és halálra ítélte. (Angol, amerikai és szovjet egyetértéssel; a francia bíró a [[halálbüntetés]]t rossz ítéletnek tartotta.) Valójában egyetlen bizonyítékot sem hoztak fel arra, hogy Jodl tudott volna a tervszerű zsidómegsemmisítésről. Az ítélet részletes indoklása egyetlen szóval sem említi a zsidókérdést. A háborús bűnösséget és az emberiség elleni bűntetteket kizárólag általában, egyetlen konkrét eset nélkül rótták fel neki. Amiért tehát konkrétan halálra ítélték: nem ismerték el a „parancsra cselekedett” védekezést, felelősnek találták a „komisszár-” és „kommandóparancs” továbbításában.<ref>{{cite book |author= | coauthors= | editor=Peoppel, Hans – Preuß, Prinz von – Hase, K-G. |title=A Wehrmaht katonái |month= |year=évszám nélkül | publisher= Canissa Könyvkiadó |pages= |id= ISBN 963-9379-03-4}}, Alfred de Zayas: ''A Wehrmacht és a nürnbergi per'', 405. old.</ref>
Jodl kérvényt nyújtott be, hogy kötél helyett a katonákat megillető golyóval végezzenek vele, kérvényét elutasították. 1946. október 16-án a nürnbergi fogházban felakasztották.
