Az Ems az év minden időszakában járható belvízi hajókkal. A folyó a felső szakasz kivételével végig szabályozott, a hajózóút kiépített. A fontosabb városok ([[Meppen]], [[Leer]], [[Papenburg]] és [[Emden]]) mindegyikében található belvízi hajók számára épített kikötő. Az Emset nagy forgalmú belvízi hajózócsatornák kötik a holland és a német víziút-hálózathoz.
Az ún. Parti-csatorna (Küstenkanal) [[Wilhelmshaven]] és a Jade <!-- ez ua., mint a másik ilyen cikkben a Jade-öböl? --> felé teremt kapcsolatot.
