Az archeák képesek a kommenzalizmusra is, egy társulásból részesülnek anélkül hogy segítenék vagy kárt okoznának a másik szervezetnek. Például a metanogén [[Methanobrevibacter smithii]] messze a leggyakoribb archaea az emberi flórában, körülbelül az egytizedét alkotja a prokariótáknak az emberi bélben.<ref>{{cite journal |author=Eckburg PB |author2=Bik EM |author3=Bernstein CN |title=Diversity of the human intestinal microbial flora |journal=Science |volume=308 |issue=5728 |pages=1635–8 |date=June 2005 |pmid=15831718 |pmc=1395357 |doi=10.1126/science.1110591 |bibcode = 2005Sci...308.1635E |displayauthors=1 |last4=Purdom |last5=Dethlefsen |last6=Sargent |last7=Gill |last8=Nelson |last9=Relman}}</ref> Termeszekben és emberekben ezek a metanogének lehetséges, hogy mutualista kölcsönhatásban vannak más mikrobákkal a bélben, hogy segítségsegítsék az emésztést.<ref>{{cite journal |author=Samuel BS |author2=Gordon JI |title=A humanized gnotobiotic mouse model of host-archaeal-bacterial mutualism |journal=Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America |volume=103 |issue=26 |pages=10011–6 |date=June 2006 |pmid=16782812 |pmc=1479766 |doi=10.1073/pnas.0602187103|bibcode = 2006PNAS..10310011S}}</ref> Archaea közösségek egy sor más organizmussal is társulnak, például a korallok felszínén,<ref>{{cite journal|date=2004 |title=Coral-associated Archaea |journal=Marine Ecology Progress Series |volume=273 |pages=89–96 |url=http://www.marine.usf.edu/genomics/PDFs%20of%20papers/wegleyetal2004.pdf |doi=10.3354/meps273089 |format=PDF |author1=Wegley, L |author2=Yu, Y |author3=Breitbart, M |author4=Casas, V |author5=Kline, D.I |author6=Rohwer, F |deadurl=yes |archiveurl=https://web.archive.org/web/20080911074810/http://www.marine.usf.edu/genomics/PDFs%20of%20papers/wegleyetal2004.pdf |archivedate=11 September 2008}}</ref> és olyan talaj területben amit növénygyökerek vesznek körül (a rhizoszféra).<ref>{{cite journal |author=Chelius MK |author2=Triplett EW |title=The Diversity of Archaea and Bacteria in Association with the Roots of Zea mays L |journal=Microb. Ecol. |volume=41 |issue=3 |pages=252–63 |date=April 2001 |pmid=11391463 |doi=10.1007/s002480000087 |jstor=4251818}}</ref><ref>{{cite journal |author=Simon HM |author2=Dodsworth JA |author3=Goodman RM |title=Crenarchaeota colonize terrestrial plant roots |journal=Environ. Microbiol. |volume=2 |issue=5 |pages=495–505 |date=October 2000 |pmid=11233158 |doi=10.1046/j.1462-2920.2000.00131.x}}</ref>
