Atyja földbirtokos volt; előbb a jogot tanulta a [[leuven]]i, [[marburg]]i s [[wittenberg]]i egyetemeken. Az utóbbi helyen ismerkedett meg [[Philipp Melanchthon|Melanchthon]]nal és hitvallója lett. [[1550]]-ben [[Montpellier]]be ment, hol Rondelet Vilmos orvos és természettudós vele az orvosi és természettudományokat kedveltette meg; ezen időtől fogva különös előszeretettel foglalkozott a füvészettel. Reánk [[Magyarország|magyarokra]] nézve Clusius egyénisége s halhatatlan füvészeti működése kétszeres értékkel bír, mert hazánk növényeinek felkutatása és ismertetése körül úttörő volt. Tudományának híre [[Miksa magyar király|II. Miksa]] császár udvarába is eljutott, ki [[1573]]-ban [[Bécs]]be hívta, hol mint a császári kertek felügyelője 500 frt évi fizetéssel [[1587]]-ig működött. Ezen idő alatt sok [[Ausztria|osztrák]] és magyar főúrral ismerkedett meg és korának jelesebb természettudósaival tudományos összeköttetésbe lépett, így [[Fabricius Pál]]lal, [[Zsámboky János|Zsámboki Jánossal]] és [[Beythe István]]nal; valószinűleg az utóbbinak buzdítására kiterjeszté utazásait Magyarországra is, hol gyakran megfordult, nevezetesen [[Pozsony]]ban, [[Nagyszombat (település)|Nagyszombat]]ban, [[Sopron]]ban, [[Lendva|Lendván]], [[Németújvár]]t, a [[Rába]] vidékén, sőt egész [[Muraköz]]ig eljutott és Beythe Istvántól sok magyar növény nevét szedte össze s ezeket híres munkájában fölhasználta. Magyar ismerősei s barátjai közül fölemlítendő még [[Batthyány Boldizsár]], a németujvári gróf és humanista, kinek gyakran volt vendége és aki füvészeti kirándulásaiban is kalauzolta, majd a környék flórájának első ismertetője volt. [[1587]]-ben elhagyta Ausztriát és [[Frankfurt]]ba költözött.
Onnan hazájába, Hollándiába utazott tovább mert 1592-ben meghívta őt a [[Leideni Egyetem|leideni egyetem]] tanítani, és itt 1593-ban megalapította az azóta is működő [[botanikus kert]]et. A holland gazdaság két fontos nemzeti termékét, a tulipánt és burgonyát is ő ismertette meg a helyiekkel.
