Smith-t a 2005-ös Drafton a San Francisco 49ers 1/1-esként igazolta le. Így 2005 júliusában aláírt egy hatéves szerződést ésa csapattal, ennek ígyértelmében 49.5 millió dollárt fizetett ki érte a 49ers érte.
=== San Francisco 49ers ===
==== 2005-ös szezon ====
A 2005-ös szezon közben sérüléssel bajlódott, így csak 9 meccsenmérkőzésen játszotttudott pályára lépni az első évében. Statisztikailag nagyon rossz évet zárt, csak egy touchdown passzig jutott, emellettmellette viszont 11 interception-tinterceptiont dobott. Kifejezetten gyenge éve volt a karrierjében Smith-nek.
==== 2006-os szezon ====
MiutánA túllépettmásodik az49ers elsőszezonja évén a 49ers-beelőtt új támadó koordinátor érkezett [[Norv Turner]] személyében, akivel akijelentősen javítottjavult a csapat támadó játékánjátéka. A továbbfejlesztettfeljavult támadó csapatoffense elősegítette Smith fejlődésétteljesítményének javulását. SmithMár az első három meccsen mármérkőzésen három TD-tpasszolt dobotttouchdownt szerzett, emellett egy interception-t sem dobott. A szezon végén azAz alapszakaszt a San Fransisco 49-ers a harmadik helyen zárta NFC South divízióban a Seattle Seahawks és St. Louis Rams mögött 7-9-es eredménnyelmérleggel. Összességében 16 passzolt touchdown passzt,és 16 interceptiont dobotthozott össze, ezenkívül 2890 yardot futott, ami nagy javulás az első évhezévéhez képest.
