Wikipédia

„DrugBank” változatai közötti eltérés

Újabb szerkesztés →
Tartalom törölve Tartalom hozzáadva
VizuálisWikiszöveges
Legkeresettebb lapokból
(Nincs különbség)

A lap 2020. augusztus 12., 21:23-kori változata

A DrugBank egy egységes, szabadon elérhető online adatbázis, mely a gyógyszerekről és azok céljairól tartalmaz információkat.[1] Mint összetett bioinformatikai és kémiainformatikai forrás, a DrugBank a gyógyszerek (kémiai, gyógyszerészeti, farmakológiai) jellemzőit és azok jellemző célzott területeit mutatja be.[1][2] A DrugBank használ anyagokat a Wikipédiából,[3] a Wikipédia pedig gyakran hivatkozik a DrugBankre.

Az adatbázis legutóbbi, (5.0-s verziója) 9591 gyógyszerbejegyzést tartalmaz, melyek között van 2037, az FDA által jóváhagyott kismolekulás gyógyszer, 241 biotehnológiai proteines/peptides gyógyszer, 96 speciális étrend kiegészítő és több mint 6000 kísérleti gyógyszer.[4] Ezekhez a gyógyszerbejegyzésekhez további 4270 protein szekvencia is tartozik, melyek továbbíthatják, szállíthatják, célba juttathatják az enzimeket. Minden DrugCard bejegyzés entry (Fig. 1) több mint 200 adatmezőt tartalmaz,melyeknek a fele a gyógyszerészeti/kémiai jellemzésére, a másik fele pedig a célba juttatás vagy a protein leírását szolgálja.[4]

További négy adatbázis, a HMDB,[5] a T3DB,[6] az SMPDB [7] és a FooDB szontén része a metabolomikai/kémiai inormatikai adatbázisok általános csomagjának. A HMDB hasonló információkat tartalmaz mintegy 40.000 emberi metabolitról, a T3DB 3100 általános méregről és környezeti károsítóról tartalmaz adatokat, az SMPDB útvonal-diagrammok tárháza, melyben mintgegy 700 emberi metabolikus és betegségekkel kapcsolatos útvonal található meg, míg a FeoDB nagyjából 28.000 étel-összetevőről és élelmiszer-adalékanyagról ad felvilágosítást.

Verziótörténet

A DrugBank első változatát 2006-ban hozták nyilvánosságra.[1] Ez a korai kiadás viszonylag szűk körben tartalmazott leírásokat mindössze 841, az Fda által jóváhagyott kis molekuláris gyógyszerről és 113 biotechnológiai gyógyszerről. A gyógyszerek céljai közül 2133 szerepelt benne. A DrugBank második változatát 2009-ben jelentették meg.[2] Ez a lényegesen kiterjesztett és fejlesztett változat 1344 jóváhagyott kis molekuláris gyógyszert, 123 biotechnológiai gyógyszert, valamint 3037 egyéni gyógyszercélt tartalmazott. A 2.0-s változattal jelentek meg a kivont gyógyszerek és az illegális gyógyszereket, az ételek nagy gyógyító hatását valamint a gyógyszerek kölcsönhatását és az ADMET értékeket (felszívódás, eloszlás, emésztés, kiválasztódás és mérgezőség). A 3.0 verzió 2011ben jelent meg.[8] Ebben 1424 jóváhagyott kis molekulás gyógyszer, 132 biotechnológiai gyógyszer valamint több mint 4000 hatásmechanizmus szerepelt. A 3.0 változatban már szerepeltek gyógyszer továbbító adatok, a gyógyszerek útvonalra vonatkozó tények, a gyógyszerárazás, szabadalmi és termelési adatok, valamint bekerült több mint 5000 kísérleti gyógyszer. A 4.0 verzió 2014-ben jelet meg.[4] Ebben 1558, az FDA által jóváhagyott kis molekuláris gyógyszer, 155 biotechnológiás gyógyszer és 4200 hatásmechanizmus szerepel. A 4.0 verzióban ezeken kívül megjelenik jelentős méretű információhalmaz a gyógyszer lebontásáról, (struktúrájáról és reakcióiról), a gyógyszer taxonómiájáról, hatóköréről, kötődési állandójáról és szintézises jellemzőiről. Az 1. tábla részletesebb statisztikákon kereszztül mutatja be a DrugBank fejlődési történetét.

1. tábla A DrugBank 1.0, 2.0, 3.0 és a DrugBank 4.0 összehasonlítása.
Kategória 1.0 2.0 3.0 4.0
A DrugCardon szereplő adtok száma &0000000000000088.00000088 &0000000000000108.000000108 &0000000000000148.000000148 &0000000000000208.000000208
Keresési típusok száma &0000000000000008.0000008 &0000000000000012.00000012 &0000000000000016.00000016 &0000000000000018.00000018
Illusztrált gyógyszerhatás útvonalak száma &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &0000000000000168.000000168 &0000000000000232.000000232
Lebontó enzimről adatot tartalmazó gyógyszerek száma &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &0000000000000762.000000762 &0000000000001037.0000001 037
Struktúrával szereplő metabolitok száma &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &0000000000001239.0000001 239
Gyógyszerlebontó reakciók száma &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &0000000000001308.0000001 308
Gyógyszerlebontási útvonalak száma &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &0000000000000053.00000053
Gyógyszer transzporter információt tartalmazó gyógyszerek száma &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &0000000000000516.000000516 &0000000000000623.000000623
Taxonómiai információval rendelkező gyógyszerek száma &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &0000000000006713.0000006 713
SNP-hez kapcsolódó gyógyszerhatások száma &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &0000000000000113.000000113 &0000000000000201.000000201
Szabadalom/árazás/gyártás információt tartalmazó gyógyszerek száma &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &0000000000001208.0000001 208 &0000000000001450.0000001 450
Étel-gyógyszer interakciók száma &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &0000000000000714.000000714 &0000000000001039.0000001 039 &0000000000001180.0000001 180
Gyógyszer-gyógyszer interakciók száma &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &0000000000000013.24200013,242 &0000000000000013.79500013,795 &0000000000000014.15000014,150
ADMET paraméterek száma (Caco-2, LogS) &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &0000000000000276.000000276 &0000000000000890.000000890 &0000000000006667.0000006 667
QSAR paraméterek száma gyógyszerenként &0000000000000005.0000005 &0000000000000006.0000006 &0000000000000014.00000014 &0000000000000023.00000023
A gyógyszer hatásaihoz szükséges kötési adatok száma &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &0000000000000791.000000791
NMR spektrummal szereplő gyógyszerek száma &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &0000000000000306.000000306
MS spektrummal szereplő gyógyszerek száma &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &0000000000000384.000000384
Kémiai szintézises adatokkal rendelkező gyógyzserek száma &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &0000000000000038.00000038 &0000000000000038.00000038 &0000000000001285.0000001 285
Az FDA által jóváhagyott kis molekuláris gyógyszerek száma &0000000000000841.000000841 &0000000000001344.0000001 344 &0000000000001424.0000001 424 &0000000000001558.0000001 558
Biotechnológiai gyógyszerek száma &0000000000000113.000000113 &0000000000000123.000000123 &0000000000000132.000000132 &0000000000000155.000000155
Étrend kiegészítő gyógyszerek száma &0000000000000061.00000061 &0000000000000069.00000069 &0000000000000082.00000082 &0000000000000087.00000087
Kivont gyógyzserek száma &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &0000000000000057.00000057 &0000000000000068.00000068 &0000000000000078.00000078
Illegális gyógyszerek száma &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &0000000000000188.000000188 &0000000000000189.000000189 &0000000000000190.000000190
Kísérleti gyógyszerek száma &0000000000002894.0000002 894 &0000000000003116.0000003 116 &0000000000005210.0000005 210 &0000000000006009.0000006 009
A kísérleti és a jóváhagyott gyógyszerek összesített száma &0000000000003796.0000003 796 &0000000000004774.0000004 774 &0000000000006684.0000006 684 &0000000000007561.0000007 561
Összes tapasztalati és jóváhagyott gyógyszerek száma &0000000000003909.0000003 909 &0000000000004897.0000004 897 &0000000000006816.0000006 816 &0000000000007713.0000007 713
A gyógyszercélok száma &0000000000002133.0000002 133 &0000000000003037.0000003 037 &0000000000004326.0000004 326 &0000000000004115.0000004 115
A jóváhagyott gyógyszer enzim/szállító egyedi száma' &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &0000000000000164.000000164 &0000000000000245.000000245
Az összes gyógyszer enzim/szűllító egyedi száma &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1.0000000 &0000000000000169.000000169 &0000000000000253.000000253
Külső adatbázisra mutató linkek száma &0000000000000012.00000012 &0000000000000018.00000018 &0000000000000031.00000031 &0000000000000033.00000033

Tartalom és hozzáférés

A DrugBank minden adata szerzői jog mentes, vagy olyan forrásból származik, mely nem tart igényt szerzői jogra. Szabadon, ingyenesen elérhető bárki számára. Ezen felül majdnem minden adat visszakövethető, és mindig ott szerepel az eredeti forrás. A DrugBank adatai elérhetőek nyilvános internetes interface-en keresztül, és le is lehet tölteni.

A felhasználók többféleképpen is készíthetnek lekérdezéseket:

  • Simán lekérdezést írnak az adatbázis szöveges komponenseire. A Browse gombra kattintva táblázatos elrendezésben megjelenik a DrugBank tartalma. Így a felhasználó átnézheti az adatbázist vagy újra rendezheti az adatokat.
  • Egy adott DrugCard gombjára kattintva feljön az összes adott gyógyszerről eltárolt összes információ. Ott szerepel az összes mező leírása illetve a források listája is.
  • A PharmaBrowse gomb segítségével a felhasználó a jellemzőik szerint csoportosítva kereshet a gyógyszercsoportok között. Ez leginkább gyógyszerészeknek és orvosoknak hasznos, de egyes kutatók munkáját is megkönnyítheti.
  • A ChemQuery segítségével a felhasználó a ChemAxon segítségével megrajzolhatja vagy a SMILES sorozat segítségével megírhatja a kémiai vegyjelet, és az ehhez hasonló vagy ezzel megegyező képletű vegyületek között kereshet.
  • A TextQuery gomb segítségével sokkal részletesebben kereshetünk szövegre vagy szövegdarabra a DrunBanken belül. (részleges szóegyezés, kisbetű-nagybetű érzékenység, elgépelések, stb.)
  • A SeqSearch gomb segítségével a elhasználó kereshet BLAST (protein) szekvenciára. Mind egyedi, mind összetett proteinekre is lehet BLAST keresést írni.
  • A Data Extractor gomb megnyomásával egy egyszerűen használható relációs keresés felülete nyílik meg, ahol a felhasználó különféle almezők alapján szűrhet. A Data Extractor a DrugBank legszofisztikáltabb keresési eszköze.

A felhasználók a kiválasztott szöveg komponenseket és szekvenciális adatokat letölthetik,a DrugBankkel kapcsolatos legfrissebb információkat pedig hírfolyamokon, Facebookon vagy Twitteren követhetik nyomon.

Lásd még

Jegyzetek

  1. ↑ a b c Wishart, DS (2006. január 1.). „DrugBank: a comprehensive resource for in silico drug discovery and exploration”. Nucleic Acids Research 34 (Database issue), D668-D672. o. DOI:10.1093/nar/gkj067. PMID 16381955.  
  2. ↑ a b Wishart, DS (2008. január 1.). „DrugBank: a knowledgebase for drugs, drug actions and drug targets”. Nucleic Acids Research 36 (Database issue), D901–906. o. DOI:10.1093/nar/gkm958. PMID 18048412.  
  3. ↑ „The Dizzying Problem of Citationless Wikipedia “Facts” That Take On a Life of Their Own”, Slate Magazine, 2019. március 7. (Hozzáférés: 2019. november 9.) (angol nyelvű) 
  4. ↑ a b c (2014. január 1.) „DrugBank 5.0: shedding new light on drug metabolism”. Nucleic Acids Research 42 (Database issue), D1091-7. o. DOI:10.1093/nar/gkt1068. PMID 24203711.  
  5. ↑ (2009. január 1.) „HMDB: a knowledgebase for the human metabolome”. Nucleic Acids Research 37 (Database issue), D603-10. o. DOI:10.1093/nar/gkn810. PMID 18953024.  
  6. ↑ Lim, E (2010. január 1.). „T3DB: a comprehensively annotated database of common toxins and their targets.”. Nucleic Acids Research 38 (Database issue), D781-6. o. DOI:10.1093/nar/gkp934. PMID 19897546.  
  7. ↑ Jewison, T (2014. január 1.). „Small Molecule Pathway Database.”. Nucleic Acids Research 42 (Database issue), D478-84. o. DOI:10.1093/nar/gkt1067. PMID 24203708.  
  8. ↑ Knox, C (2011. január 1.). „DrugBank 3.0: a comprehensive resource for 'omics' research on drugs.”. Nucleic Acids Research 39 (Database issue), D1035–41. o. DOI:10.1093/nar/gkq1126. PMID 21059682.  
A lap eredeti címe: „https://hu.wikipedia.org/w/index.php?title=DrugBank&oldid=22943665”