A növény magjai aprók (kb. 1 mm-esek), gömbölyűek, sárgák vagy világosbarnák; az ízük enyhén csípős. A magvak illó olajat, zsírolajat fehérjét tartalmaznak. A fekete mustár magja kívül vörösesbarna színű, belül zöldessárga, apró és gömbölyű. A mustár csípős ízét és kedvező étrendi hatását a magban felhalmozódó nitrogén- és kéntartalmú glikozidok, az ún. mustárglikozidok okozzák. Jellemző glikozidjai az allil-izotiocianátok (sinalbin – fehér mustár, sinigrin - barna mustár). A glikozidokat víz vagy nyál jelenlétében a mirozin enzim elbontja allil mustárolajokra és más vegyületekre, ezek okozzák a mustár csípős ízét, szagát. Az allil-mustárolaj-tartalom fajtól és fajtától függően változó, 0,5-1,7%. Tartalmaz még 0,2-1,0% illóolajat, 20-40% zsírosolajat, nyálkaanyagokat, erukasavat.
