Az ammónia a természetben úgy a [[levegő]]ben és a meteoros csapadékokban, valamint a talajban, ásványos vizekben, növényi és állati szervezetekben előfordulfordul elő. A levegőbe az ammónia javarészt bizonyára a föld felületéről, párolgás útján jut, majd ott [[elektromos kisülés]]ek, vagy égési folyamatok révén keletkezett [[szénsav]]val, [[salétromossav]]val és [[salétromsav]]val vegyülve, e savak ammónium-sói alakjában a csapadékokba kerül. Magyarországon az éves átlagkoncentráció 2 ppb (part per billion). A talajban az ammónia főképen vulkánok közelében és kráterében, klorid és szulfát alakjában, továbbá égő széntelepek közelében, a [[toszkána]]i bórsavas [[fumarola|fumarolák]] gőzében és sóiban, úgyszintén mint a szerves anyagok rothadási terméke sok helyütt (így a guanóban és bűzös gázokban is) előfordul. A növényekben ammónia rendszerint kimutatható; az állati szervezet különféle részeiben: a [[vér]]ben, a szövetekben, a [[vizelet]]ben és a kilélegzett levegőben is található. Madarak, gyíkok és kígyók vizeletében jelentékeny mennyiségű a húgysavas ammónium; emlősök vizelete csak kevés ammónium-sót tartalmaz.
Nitrogént tartalmazó szénvegyületek, különösen a [[karbamid]] és fehérjefélék korhadásakor és rothadásakor jelentékeny mennyiségű ammónia, illetőleg ammónium-só keletkezik. Ammónia keletkezik még szerves anyagok például szaru, csontok, kőszén stb. száraz desztillációjakor is.
