SOS-doboz

Az SOS-doboz^[1] (angolul: SOS Box, magyar szakirodalomban gyakran SOS régió néven említett)^[2] a különböző gének promoterében található homológ, 20 nukleotid hosszú^[2] régió, amelyhez a LexA represszor kötődik, (tehát LexA által represszálható) hogy elnyomja az SOS válasz által indukált fehérjék transzkripcióját. Ez DNS-károsodás hiányában következik be. DNS-károsodás jelenlétében a LexA kötését inaktiválja a RecA aktivátor. Az SOS-dobozok különböznek a DNS-szekvenciák és a LexA iránti kötődés affinitása között organizmusonként (szervezetenként).^[3] Ezenkívül az SOS-dobozok kettős módon lehetnek jelen, ami azt jelzi, hogy egynél több SOS-doboz is lehet ugyanazon promoteren belül.^[4]

Példák


Filogenetikai klád	Szekvencia	Hivatkozás
Alfa proteobaktérium	GAAC(N)₇GAAC GTTC(N)₇GTTC	^[5]^[6]
Betaproteobacteria Gammaproteobacteria	CTGT(N)₈ACAG	^[7]
Deltaproteobacteria	CTRHAMRYBYGTTCAGS	^[8]
Gram-positive Bacteria	CGAACRNRYGTTYC	^[9]^[10]
Cyanobacteria	RGTAC(N)₃DGTWCB	^[11]

A nem GATC nukleotid betűk magyarázatát lásd a nukleinsav-nómenklatúrában.

Jegyzetek

↑ Egy új biofilmrel társított kolicint, amely fokozott hatékonysággal rendelkezik a biofilm baktériumok ellen - az isme folyóirat - Az isme folyóirat 2021 (magyar nyelven). Encyclopedia. (Hozzáférés: 2021. április 28.)^{[halott link]}
↑ ^a ^b Molekuláris biológia I-II. | Digitális Tankönyvtár (magyar nyelven). regi.tankonyvtar.hu. [2021. április 28-i dátummal az eredetiből archiválva]. (Hozzáférés: 2021. április 28.)
↑ Walker (1995. október 1.). „SOS-regulated proteins in translesion DNA synthesis and mutagenesis.”. Trends in Biochemical Sciences 20 (10), 416–20. o. DOI:10.1016/s0968-0004(00)89091-x. PMID 8533155.
↑ Gillor (2008. június 1.). „The role of SOS boxes in enteric bacteriocin regulation”. Microbiology 154 (6), 1783–1792. o. DOI:10.1099/mic.0.2007/016139-0. PMID 18524933.
↑ (1998. június 1.) „Identification of the Rhodobacter sphaeroides SOS box”. Mol. Microbiol. 28 (5), 991–1003. o. DOI:10.1046/j.1365-2958.1998.00860.x. PMID 9663685.
↑ (1999. augusztus 1.) „Regulation of divergent transcription from the uvrA-ssb promoters in Sinorhizobium meliloti”. Mol. Gen. Genet. 262 (1), 121–30. o. DOI:10.1007/s004380051066. PMID 10503543.
↑ (2003. november 1.) „In silico analysis reveals substantial variability in the gene contents of the gamma proteobacteria LexA-regulon”. Bioinformatics 19 (17), 2225–36. o. DOI:10.1093/bioinformatics/btg303. PMID 14630651.
↑ (2003. augusztus 1.) „LexA-independent DNA damage-mediated induction of gene expression in Myxococcus xanthus”. Mol. Microbiol. 49 (3), 769–81. o. DOI:10.1046/j.1365-2958.2003.03592.x. PMID 12864858.
↑ (1998. április 15.) „The Bacillus subtilis DinR Binding Site: Redefinition of the Consensus Sequence”. J. Bacteriol. 180 (8), 2201–11. o. PMID 9555905.
↑ (2002. június 1.) „Definition of the Mycobacterial SOS Box and Use To Identify LexA-Regulated Genes in Mycobacterium tuberculosis”. J. Bacteriol. 184 (12), 3287–95. o. DOI:10.1128/JB.184.12.3287-3295.2002. PMID 12029045.
↑ (2004. február 1.) „LexA-binding sequences in Gram-positive and cyanobacteria are closely related”. Mol. Genet. Genomics 271 (1), 40–9. o. DOI:10.1007/s00438-003-0952-x. PMID 14652736.

Fordítás

Ez a szócikk részben vagy egészben a SOS box című angol Wikipédia-szócikk ezen változatának fordításán alapul. Az eredeti cikk szerkesztőit annak laptörténete sorolja fel. Ez a jelzés csupán a megfogalmazás eredetét és a szerzői jogokat jelzi, nem szolgál a cikkben szereplő információk forrásmegjelöléseként.

Források

(2004) „Differences in LexA regulon structure among Proteobacteria through in vivo assisted comparative genomics”. Nucleic Acids Research 32 (22), 6617–26. o. DOI:10.1093/nar/gkh996. PMID 15604457.
Shinagawa H. SOS response as an adaptive response to DNA damage in prokaryotes, 221–35. o.. DOI: 10.1007/978-3-0348-9088-5_14 (1996). ISBN 978-3-0348-9901-7

Biológiaportál • összefoglaló, színes tartalomajánló lap

[1] Egy új biofilmrel társított kolicint, amely fokozott hatékonysággal rendelkezik a biofilm baktériumok ellen - az isme folyóirat - Az isme folyóirat 2021 (magyar nyelven). Encyclopedia. (Hozzáférés: 2021. április 28.)^{[halott link]}

[:0-2] Molekuláris biológia I-II. | Digitális Tankönyvtár (magyar nyelven). regi.tankonyvtar.hu. [2021. április 28-i dátummal az eredetiből archiválva]. (Hozzáférés: 2021. április 28.)

[3] Walker (1995. október 1.). „SOS-regulated proteins in translesion DNA synthesis and mutagenesis.”. Trends in Biochemical Sciences 20 (10), 416–20. o. DOI:10.1016/s0968-0004(00)89091-x. PMID 8533155.

[4] Gillor (2008. június 1.). „The role of SOS boxes in enteric bacteriocin regulation”. Microbiology 154 (6), 1783–1792. o. DOI:10.1099/mic.0.2007/016139-0. PMID 18524933.

[5] (1998. június 1.) „Identification of the Rhodobacter sphaeroides SOS box”. Mol. Microbiol. 28 (5), 991–1003. o. DOI:10.1046/j.1365-2958.1998.00860.x. PMID 9663685.

[6] (1999. augusztus 1.) „Regulation of divergent transcription from the uvrA-ssb promoters in Sinorhizobium meliloti”. Mol. Gen. Genet. 262 (1), 121–30. o. DOI:10.1007/s004380051066. PMID 10503543.

[7] (2003. november 1.) „In silico analysis reveals substantial variability in the gene contents of the gamma proteobacteria LexA-regulon”. Bioinformatics 19 (17), 2225–36. o. DOI:10.1093/bioinformatics/btg303. PMID 14630651.

[8] (2003. augusztus 1.) „LexA-independent DNA damage-mediated induction of gene expression in Myxococcus xanthus”. Mol. Microbiol. 49 (3), 769–81. o. DOI:10.1046/j.1365-2958.2003.03592.x. PMID 12864858.

[9] (1998. április 15.) „The Bacillus subtilis DinR Binding Site: Redefinition of the Consensus Sequence”. J. Bacteriol. 180 (8), 2201–11. o. PMID 9555905.

[10] (2002. június 1.) „Definition of the Mycobacterial SOS Box and Use To Identify LexA-Regulated Genes in Mycobacterium tuberculosis”. J. Bacteriol. 184 (12), 3287–95. o. DOI:10.1128/JB.184.12.3287-3295.2002. PMID 12029045.

[11] (2004. február 1.) „LexA-binding sequences in Gram-positive and cyanobacteria are closely related”. Mol. Genet. Genomics 271 (1), 40–9. o. DOI:10.1007/s00438-003-0952-x. PMID 14652736.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]