[[III. Péter portugál király|III. Péter]] és [[I. Mária portugál királynő]] harmadik fia. Édesanyja 1792-ben elmebajba esett, így ő kormányzott azóta helyette. A [[napóleoni háborúk]] idején nem akart lemondani aza angolokbrit szövetségérőlszövetségről, így [[I. Napóleon francia császár|Napóleon]] trónvesztettnektrónfosztottnak nyilvánította. A közeledő francia sereg elől János király és családja 1807-ben [[Brazília|Brazíliába]] menekült. Innen csak 1821-ben, a portugál cortes kérésére tért haza. Távozása után Brazília elszakadt Portugáliától, és János idősebbik fiát, [[I. Péter brazil császár|Dom Pedro herceget]] kiáltották ki Brazília császárává (I. Péter brazíliai császár néven). Az anyaországban ezután az [[abszolút monarchia|abszolutizmus]] és az [[alkotmányos monarchia|alkotmányosság]] hívei között elkeseredett harc indult meg. E harc eredményeképp Dom Miguel herceget száműzték Portugáliából, és kizárták a trónöröklésből.