Az [[I.első világháború]] alatt a közellátás ugyan akadályokba ütközött, ennek ellenére csak kismértékben esett az Intézmény tanulóinak a száma. 1919-ben a [[Tanácsköztársaság]] úgy vélte, hogy a hittudományi karon „termelő szellemi munkát” végeznek, ezért átnevezte Hittudományi Kutató Intézetnek, majd pedig május 10-től a Vörös Őrség gazdasági hivatalát helyezte el az Intézet földszinti, utcai szobáiban. 1932-ben az új prímás, [[Serédi Jusztinián]], a római egyetemi rendszer mintájára átalakította az Intézményben az oktatást hatévesre, az épületet pedig tovább bővítették. A szeminaristák ebben az időszakban indítottak el Centralista címmel egy saját újságot.
A [[II.második világháború]] alatt az Intézet épülete megrongálódott, ám a szeminaristák elöljáróikkal még Budapest ostromakor is benne tartózkodtak. 1944 őszén és telén zsidó gyerekeket bujtattak el az Intézetben. 1945. január 18-a éjjelén az Intézethez tartozó templom egyik tornyát, február 12-én pedig a könyvtárat egy akna eltalálta. Az Intézet fennállásának 300. évfordulója 1948-ban volt esedékes, ezért a szeminaristák amint tehették, megkezdték a romeltakarítást és az épület rendbetételét. A szükséges anyagok egy részét ők biztosították, és szakemberek vezetésével ők végezték a fizikai munkákat is. Az 1948-ban rendezett ünnepségen az új politikai vezetés által sokat támadott [[Mindszenty József]] bíboros is részt vett, akit 1948. december 26-án letartóztattak és be is börtönöztek. A szeminaristákat az a tény, hogy a fennálló hatalom a bíborost, sok papot és szerzetest börtönbe vetett, és a katolikus egyház intézményeivel szemben is intézkedéseket foganatosított (pl. 1946 nyarán a katolikus egyesületeket feloszlatták, 1948. június 16-án az egyházi iskolákat államosították, 1950. júniusában a szerzetesrendeket is feloszlatták), illetve az 1947. augusztustól 1948. december 8-ig meghirdetett Mária-év arra buzdította, hogy több időt szánjanak imára a börtönben sínylődő egyházi személyekért, és odaadóbban készüljenek a pappá válásra, hiszen ezekben az időkben a papi hivatással könnyen vértanúság is járhatott.
