Miután amnesztiában részesült, 1901 elején visszatérhetett Németországba. A ''Vorwärts'' munkatársa lett, s szónokként is feltűnt a pártrendezvényeken. 1902-től 1918-ig a Reichstag tagja. 1902-től 1905-ig kiadta a ''Dokumente des Sozialismus. Hefte für Geschichte, Urkunden und Bibliographie des Sozialismus'' című folyóiratot. 1905-ben állást foglalt a tömegsztrájk mellet, hatékony eszköznek tartotta a politikai célok elérésére. 1906 és 1913 között főleg történelmi témájú munkákat írt és a londoni ''The Nation'' című lap munkatársa volt. 1912-től a külpolitikai kérdések felé fordult érdeklődése. 1913-ban a fegyverkezési törvényjavaslat ellen szavazott az SPD frakció balszárnyával együtt. Bebellel közösen kiadta Marx és Engels levelezését. Bár 1914 augusztusában megszavazta a hadi hiteleket a többséggel együtt, ellenezte a háborút, s egyre inkább eltávolodott az SPD jobbszárnyától. 1915 februárjában fellépett [[Karl Liebknecht]] érdekében. Júniusban [[Hugo Haase]] és Karl Kautsky társszerzőségével kiadta „Das''Das Gebot der Stunde”Stunde'' című háborúellenes manifesztumot.<ref>{{cite web|url=http://www.marxists.org/deutsch/archiv/kautsky/1915/06/gebot.htm|title=Das Gebot der Stunde (19. Juni 1915)|author= Eduard Bernstein – Hugo Haase – Karl Kautsky|publisher=Marxists’ Internet Archive|date=2012-01-08|accessdate=2013-08-08|language=de}}</ref> 1915 december 29-én 17 képviselőtársával együtt elutasította a hadi hitelek megszavazását.1916 márciusában Hugo Haase kizárása után 16 képviselőtársával együtt kilépett az SPD frakcióból és megalakították a „Szociáldemokrata''Szociáldemokrata Munkaközösséget”Munkaközösséget''. 1917-ben részt vett a ''Németország Független Szociáldemokrata Pártja'' (Unabhängige Sozialdemokratische Partei Deutschlands – USPD) megalapításában. 1919 januárjában visszalépett az SPD-be. Az 1918-as novemberi forradalom után a pénzügyminisztérium államtitkárának helyettesi pozícióját töltötte be 1919 februárjáig. 1920-tól 1928-ig újra a birodalmi gyűlés képviselője lett. 1921-ben részt vett az SPD görlitzi programjának megírásában. 1923-ban elhunyt felesége. 1925-ben kiadta Engels hozzá intézett leveleit. 1928-ban visszavonult a politikai élettől. 1932. december 18-án Berlinben hunyt el.<ref>''Eduard Bernstein életrajzi adatai'' in.: Eduard Bernstein: ''A szocializmus előfeltételei és a szociáldemokrácia feladatai.'' Kossuth Könyvkiadó, Budapest 1989. 252–255. old.</ref>
