A [[dezoxiribonukleinsav|DNS-vizsgálatok]] alapján a kutatók megtudták, hogy a bóbitás pingvin és legközelebbi rokona, a [[Royal-pingvin]] ''(Eudyptes schlegeli)'', körülbelül 1,5 millió éve váltak ketté.<ref>{{cite journal |author=Baker AJ, Pereira SL, Haddrath OP, Edge KA |year=2006 |title=Multiple gene evidence for expansion of extant penguins out of Antarctica due to global cooling |journal=Proc Biol Sci. |volume=273 |issue=1582 |pages=11–7 |doi=10.1098/rspb.2005.3260 |pmc=1560011 |pmid=16519228|last2=Pereira |last3=Haddrath |last4=Edge }}</ref> Habár néha a kettőt két külön fajként kezelik, e pingvinek egyes DNS szekvenciái igenhasonlóakigen hasonlóak; emiatt Leslie Christidis és Walter Boles ausztrál ornitológusok a Royal-pingvint a bóbitás faj alfajának tekintik.<ref>{{cite book |title=Systematics and Taxonomy of Australian Birds|author=Christidis L, Boles WE |year=2008 |publisher=CSIRO Publishing |location=Canberra |isbn=978-0-643-06511-6 |page=98}}</ref><ref>{{cite journal | first=Peter | last=Juliff | title=From the Pole to the Equator: A panoply of Penguins | journal = The Bird Observer | date=December 2008|issue=857 | publisher=Bird Observation & Conservation Australia | url =http://www.birdobservers.org.au/birdobserver/pdf/200812/dec08_12_from_the_pole.pdf|accessdate = 2009-01-27}}</ref> Külső megjelenésre is nagyon hasonlítanak; bár a Royal-pingvinnek fehér a pofája, míg a másiknak fekete. A Heard- és Marion-szigeteken a bóbitás pingvin kereszteződik az [[Eudyptes chrysocome filholi]] nevű alfajon keresztül, az [[aranytollú pingvin]]nel ''(Eudyptes chrysocome)''. 1987–1988 között az ''Australian National Antarctic Research Expedition'' kutatói 3 ilyen [[hibrid (biológia)|hibrid]] példányra bukkantak rá.<ref>{{cite journal|doi=10.1071/MU9900198|last=Woehler EJ, Gilbert CA|first1=EJ|year=1990|last2=Gilbert|first2=CA|title=Hybrid Rockhopper-Macaroni Penguins, interbreeding and mixed-species pairs at Heard and Marion Islands|journal=Emu|volume=90|pages=198–210|issue=3}}</ref>
