A víz alatti régészeti emlékeket a víz természetes romboló hatásától kezdve az illegális búvártevékenységen át a mederkotrásig sok veszély fenyegeti. Néhány szakember isviszont úgy véli, hogy a víz alatti régészeti leleteket – a szárazföldiekhez hasonlóan – nem kell feltétlenül feltárni, mert a víz alatt teljes biztonságban vannak, felhozataluk pedig a pusztulásukat okozhatja. A víz tartósító hatása valóban sokszor nagyon jó, de nem minden anyag vonatkozásában. Bizonyos fémek – például az égett vastárgyak – akár néhány évszázad alatt elpusztulnak, a vas helyén sokszor csak egy bűzös lével teli, oxiddal körbeágyazott üreg marad. A víz hőmérsékletének ingadozása, vagy a jeges ár idején végzett robbantások is repedéseket okozhatnak a kőemlékekben. Az uralkodó régészeti vélemény ezért az, hogy a víz nem természetes közege a régészeti tárgyaknak, ezért minél előbb fel kell tárni és a szárazföldi leleteknél is gondosabban konzerválni kell őket.{{refhely|Magyar régészet|25. o.}}
